上書自行請罪，逃往中左所，自殺而死。
崇煥在八月初抵達關防所，聽說兵變就騎馬前去同郭廣密謀，寬恕了帶頭起事的楊正朝、張思順，命令逮捕了十五人在街市上殺掉；斬知情不報的中軍吳國琦，責問參将彭簪古，罷黜都司左良玉等四人。
派正朝、思順到前線立功贖罪，世榮、涵淳因貪污虐待下屬導緻事變，也被罷免。
隻有都司程大樂一營沒有跟從兵變，特别為此給予獎勵。
由此當地才穩定下來。
關外大将四、五人，辦起事情往往互相牽制，後來又規定隻設二人，由朱梅鎮守甯遠，大壽仍然駐軍錦州。
到這個時候朱梅就要卸任了，崇煥請求合甯遠、錦州為一鎮，大壽仍然駐軍錦州，提升中軍副将何可剛都督佥事，接替朱梅駐守甯遠，改派薊鎮的趙率教駐軍關門，關内外隻設兩員大将。
就此事在上疏中極力稱贊他們三人的才幹，說：“我自許五年内收複，就專靠這三個人了，應當讓他們從頭到尾輔助我。
到時候沒有成效，我就親手殺了他們三個，我自己的命交由司法部門處理吧。
”莊烈帝同意了他的意見。
崇煥于是留下來鎮守甯遠。
自肅已經死了，崇煥請求停止設巡撫一職。
等到登萊巡撫孫國桢免職，崇煥又請求虛其位不再派人。
莊烈帝也都回答可以。
哈剌慎三十六家過去接受了明朝的安撫和封賞，後來被插漢所逼迫，又因收成不好，有叛改的意向。
崇煥召他們在邊境上相見，親自安撫慰問他們，他們都順服了。
二年閏四月評叙春秋兩防的戰功，崇煥被加封太子太保，賜給蟒衣、銀币，并得到蔭封子孫錦衣千戶的封賞。
崇煥上任一開始，就想殺掉毛文龍，文龍，仁和人。
以都司之職率兵援助朝鮮，逗留在遼東一帶，遼東失陷後，從海路逃回，乘守備空虛殺死大清鎮江的守将，向巡撫王化貞做了報告，沒有告訴經略熊廷弼，由此兩人開始有了怨恨。
當時朝廷裡掌權的人正賞識化貞，于是授職文龍為總兵官，逐漸加升到左都督，挂起将軍印，賜尚方寶劍，像内地一樣在皮島上設立軍鎮。
皮島又叫東江，在登、萊沿岸的大海中，全長八十裡，不生長草木，遠離海岸，靠近北岸，北岸與大清界隻相隔八十裡的海面，他的東北海就屬于朝鮮了。
不過，毛文龍占居的東江，形勢雖然足以牽制大清兵，但他本人沒有大的謀略，每次征戰都失算，每年浪費的軍饷無法計算，并且隻顧征招商賈，販賣禁物，名義上在援助朝鮮，實際上是妄出邊塞，沒有軍事的時候就以變賣人參、布匹為職事，有戰争，也很少得到過他的功用。
工科給事中潘士聞彈劾文龍浪費軍饷濫殺俘虜的罪行，尚寶卿董茂忠請求撤了文龍的兵，專門整治山海關、甯遠的軍隊。
兵部讨論認為不行。
崇煥心裡對文龍不高興，曾上書請求派部臣到文龍處清理糧饷。
文龍讨厭有文臣在身邊牽制，上書反駁，崇煥很不高興。
等到文龍來拜訪時，崇煥按賓客之禮迎接他，文龍又不謙讓，崇煥除掉毛文龍的主意更加堅決了。
到了這個時候，崇煥就以閱兵為名，乘船到達雙島，文龍前來會面。
崇煥同他設宴飲酒、行樂，每每到半夜才罷，文龍沒有覺察崇煥的意思。
崇煥同他商量更改營制，設立監司，文龍很不高興。
崇煥用離職返鄉勸說他，文龍回答說：“以前有這個意思，但現在隻有我了解東部戰事，等東部戰争完畢，朝鮮衰弱，可以一舉而占有。
”崇煥更加不高興，就在六月五日這天邀請文龍來觀看将士們射箭，先在山上設了帷帳，命令參将謝尚政等安排身穿铠甲的士兵埋伏在帳外。
文龍來後，他手下的士兵不能進帳裡來。
崇煥說：“我明天出發，海外的事情全寄托在您身上了，請受我一拜。
”互相拜見之後，一起登上山來。
崇煥問起他随從軍官的姓名，多是姓毛的。
文龍說：“這些人都是我的孫子。
”崇煥笑了，說道：“你們在海外勞苦多日，每月祿米也隻有那麼一斛，說起來痛心呢，也請受我一拜，大家都為國家盡力。
”這些人都叩頭道謝。
崇煥就此诘問文龍幾樁違令的事情，文龍做了對抗性的辯解。
崇煥高聲喝斥他，讓人扒下他的帽子和袍帶，把他捆了起來，文龍仍很倔強。
崇煥說：“你有十二條該斬頭的大罪，知道嗎？按我朝祖宗定下來的制度，大将領兵在外，必須接受文官的監視。
你在這邊一人專制，軍馬錢糧都不接受核查，一該殺。
大臣的罪沒有比欺騙君主更大的，你送上奏章全都蒙騙，殺害投降的士兵和難民，假冒戰功，二該殺。
大臣沒有自己的将領，有則必殺。
你上書說在登州駐兵取南京易如反掌，大逆不道，三該殺。
每年饷銀幾十萬，不發給士兵，每月隻散發三鬥半米，侵占軍糧，四該殺。
擅自在皮島開設馬市，私自和外國人來往，五該殺。
部将幾千人都冒稱是你的同姓，副将以下都随意發給布帛上千匹，走卒、轎夫都穿着品官官服和袍帶，六該殺。
從甯遠返回途中，劫掠商船，自己做了盜賊，七該殺。
強娶民間女子，不知法紀，部下效仿，使得百姓不安于家，八該殺。
驅使難民遠遠去幫你盜竊人參，不聽從的就被餓死，島上白骨累累，九該殺。
用車送金子到京師，拜魏忠賢為父，并在島上雕塑他加冕冠的肖像，十該殺。
鐵山一戰敗北，喪師不計其數，卻掩敗為功，十一該殺。
設鎮八年，不能收複一寸土地，坐地觀望，姑息養敵，十二該殺。
”宣布完後，文龍喪魂失魄，說不出話來，隻是叩頭請