這才全部剿滅了，奇瑜的聲名頓起，威震關、陝。
此後群賊都集中到了山西。
流竄到黃河北部、畿南地區來。
冬天冰很厚，賊寇從渑池渡過黃河，踐踏了河南、湖廣，又進一步窺視四川。
第二年，朝廷讨論認為各鎮、巡撫事權不一，應設置一名大臣統管，大多數人推薦了洪承疇。
因為承疇正督管三邊軍務，不能替換下來，于是朝廷提升奇瑜為兵部右侍郎兼右佥都禦史，總督陝西、山西、河南、湖廣、四川軍務，專門懲辦流賊。
奇瑜傳令各地将領會師陝州。
在這之前，老回回、過天星、滿天星、闖塌天、混世王五大營賊兵從湖北進入四川，打下了夔州，為險要地勢所阻擋，又返回湖北，兵分三路：一路進犯均州，開往河南；一路進犯鄖陽，開往淅川；一路進犯金漆坪，渡過黃河後進犯商南。
奇瑜于是騎馬到均州，傳令四位巡撫聯合讨伐。
陝西的練國事駐軍商南，遏止他們向西北去。
鄖陽的盧象升駐軍房縣、竹山，遏止他們西逃。
河南的元默駐紮在盧氏，阻止他們逃往東北。
湖廣的唐晖駐軍南漳，阻止他們逃向東南。
奇瑜然後同象升一起率領将士從竹奚谷到達平利的烏林關，途中十多次作戰，斬獲賊兵首級一千七百多。
過了七天，在乜家溝大敗賊軍，斬獲一千零八十多首級。
總兵鄧王己功勞最大。
過後，又在竹奚谷設下埋伏，連續開戰，斬獲三百多首級。
到獅子山，斬獲七百二十多首級。
其他将領楊化麟、楊世恩、周任鳳、楊正芳等分路追殺賊兵，抓住了賊首闖王、翻山虎等人。
奇瑜上書說：“湖北境内多次告捷，一時大的盜賊幾乎削平了，那些逃竄到深山中去的，我帶領鄉兵引路把每個山洞都搜到，湖北慢慢就會得到平靜的地面了。
”莊烈帝嘉獎并慰勞了他。
奇瑜于是率領副将劉遷等人搜索竹奚谷、平利的殘餘騎兵，追到五狼河，抓住賊首十二個人。
派參将賀人龍等追擊了八天八夜到達紫陽，賊兵死去的人數多達一萬以上。
在此之前，賊兵進入四川，又從四川進入陝西，從陽平關奔向鞏昌，承疇在秦州抵禦，賊兵于是渡過兩當，突襲占領了鳳縣，然後分兵兩路：一路向漢中，抄小路進犯城固、洋縣；一路由鳳縣奔向寶雞、..陽。
這時在平利、洵陽間的賊兵有數萬人，從四川進入西鄉的有二三萬人。
進犯城固、洋縣的賊兵又向東攻占了石泉、漢陰，會集在漢中、興安，窺視商州和雒南。
這個時候，奇瑜因為湖廣的賊寇剿平了，就擊鼓向西進軍，認為剩下的賊兵不值一剿。
派遊擊唐通防守漢中，保護藩王；派參将賀人龍、劉遷、夏鎬扼守