略陽、沔縣，防止賊兵西逃；派遣副将楊正芳、餘世任扼守襄城，防止賊兵北逃；奇瑜自己率領副将楊化麟、柳國鎮等駐紮在洋縣，防止賊兵東逃；又發布檄文給練國事、盧象升、元默，要求他們分别把守要害地帶，截擊敵人逃竄。
賊寇見官軍四面會集，十分害怕，全部逃進了興安的車廂峽，李自成、張獻忠等大頭目都在裡邊。
車廂峽四面山石陡峭，中間長達四十裡，易進難出。
賊兵誤入其中，山上的居民扔下石頭打擊他們，有的扔下火把，山口壘起了石寨，切斷了他們的通路。
又下了二十天大雨，弓箭都丢失了，馬沒有草吃，死去的人數超過了一半。
這個時候隻要官軍逼上去，可以全部殲滅他們。
自成等看到形勢逼迫，采用了他的同夥顧君恩的詭計，用重寶賄賂了奇瑜身邊的人以及各位将領，假裝求降。
奇瑜沒有深思，就同意了，先後收編了三萬六千多賊兵，全部加以慰勞，然後遣送回鄉務農。
平均每一百人派一個安撫官護送，發布檄文要求所經過的州縣拿出糧草供應他們，遞接遣送他們還鄉，各地将領不得攔截，以免破壞招安的事情。
這些賊兵沒有遭受大的損傷，投降并非真的，走過棧道後就不接受管制了，把五十多個安撫官殺了個淨，然後攻占州縣，關中一帶又大為震動。
奇瑜後悔自己失策，就把罪名推到别人身上以求卸責。
賊兵剛剛反叛時來到鳳翔，哄騙駐軍打開城門，守城的士兵知道他們是在詐騙，就騙說用繩索拉他們上去，殺死了先上去的三十六個人，其餘的賊寇一哄而走了。
他們進犯寶雞，也被知縣李嘉彥挫敗。
奇瑜就彈劾嘉彥及鳳翔鄉官孫鵬等破壞了招安的事局，撫按官也對招安懷有二心。
莊烈帝惱了，嚴厲批評了撫按官，逮捕了嘉彥、孫鵬及士紳、百姓五十多人。
奇瑜又請求朝廷傳令陝西、鄖陽、湖廣、河南、山西的五位巡撫各自把守要害地帶，有失守的就治他們的罪，試圖以此來為自己分擔過失。
後來他又委罪于練國事，國事也被逮捕入獄。
給事中顧國寶彈劾奇瑜贻誤封疆大事，莊烈帝下诏讓奇瑜解除官職，等候調查。
禦史傅永淳又彈劾奇瑜解隴州之圍時虛報了斬敵人數，莊烈帝就下诏把奇瑜除了名，讓錦衣官把他逮捕，加以審訊。
九年六月，奇瑜被貶，充軍邊疆去了。
當初奇瑜在南陽做官時，唐王殺了他的長子，并且想一同廢除其長子的兒子聿鍵。
靠了奇瑜的幫助，長孫的地位才得以保住，後來聿鍵在福建自立為帝，想召奇瑜去做東閣大學士，因為道路遙遠，奇瑜沒有收到任命令，死在了家裡。