曹變蛟是曹文诏的侄子，年輕時候随從文诏出兵作戰，積累軍功做到遊擊軍将。
崇祯四年(1631)，從軍恢複河曲。
第二年在張麻村、隴安、水落城、唐毛山連續打敗賊兵，又在銅川橋打敗劉道江等賊将的隊伍，勇冠三軍。
因為禦史吳生生的推薦，被提升為參将。
文诏移軍駐守山西，變蛟随從他每戰必勝。
等文诏被改派鎮守山西大同時，山西巡撫許鼎臣上書說：“山西的賊将紫金梁雖死，但老回回、過天星、大天王、蠍子塊、闖塌天等首領還沒有消滅。
變蛟勇武過人，部下健将千百人，才能僅次于文诏，請把他留在山西吧！”朝廷聽從了他的建議。
七年，賊軍進入湖廣，朝廷命令變蛟南下征剿。
文诏被圍困在大同，又命令他北上援救。
七月在廣武與大清兵相遇，立了戰功。
那年冬天，文诏出了事，被發配充軍，變蛟也因病回家去了。
第二年，文诏被起用，外出征讨山西的賊兵，變蛟以原職随從作戰。
在金嶺川大捷和真甯湫頭鎮激戰中，變蛟都是軍中的前鋒。
文诏在戰鬥中死去以後，變蛟招回失散的士兵，又編成一軍。
總督洪承疇推薦他做了副總兵官，隸屬他的部下。
變蛟和高傑在關山鎮打敗賊兵，追趕敗兵三十多裡。
又與副将龍翟文、遊擊孫守法追擊闖王高迎祥，同他在鳳陽的官亭作戰，斬獲七百多首級。
又與總兵左光先在乾州打敗了高迎祥，迎祥中箭逃跑，部下被斬首的有三百五十多人。
不久高迎祥從華陰南部的平原出發翻越崇山峻嶺，乘夜間出襲朱陽關，光先作戰失利，靠着變蛟沖鋒陷陣，才得以不死。
九年，變蛟在澄城打敗闖王的将領，同光先等追到靖虜衛，轉戰在安定、會甯等地，抵達靜甯、固甯，賊兵屢遭挫敗。
當年秋天，變蛟追擊混天星等賊首，在蒲城打敗了他們，賊兵向西逃往平涼、鞏昌，變蛟又擊敗了他們。
十年二月，巡撫孫傳庭部下的士兵許忠叛變，勾結賊将混十萬打算進犯西安。
變蛟正在外邊追擊過天星，聽說這邊發生叛亂急忙返回，叛兵于是逃走了。
傳庭這時已經殺了迎祥，他的同黨過天星、混天星盤踞在洮州、岷州、階州、文縣的深山巨谷中。
承疇派遣變