，副将馬科、賀人龍擋住了他們。
他們打算回到階州、文縣以及西鄉一帶，又害怕變蛟，于是逃到漢中去，路上又被光先遏制了，不能往前進。
六隊、祁總管都投降了，隻有自成往東邊跑掉。
承疇命令變蛟窮追不舍，又在潼關南部的平原地帶設下三支伏兵。
變蛟追上賊兵，大聲喊叫着揮刀就砍，三支伏兵又全部出動，賊兵屍體橫七豎八地堆了一地。
村民們也用大棒追擊逃賊。
自成的妻子、女兒都丢失了，帶着七個騎兵逃離，其餘的賊都投降了。
當時變蛟的兵力最強，各軍靠着他才堅不可摧。
朝廷評定他在關中剿賊的功績，提升他做了左都督。
十一月，京師戒嚴。
朝廷召承疇去保衛京師，變蛟和光先跟随着他。
第二年二月，他們抵達京師周圍，莊烈帝派使者前來迎接、慰問，将士們都得到了賞賜。
不久，變蛟在渾河開戰，沒有什麼戰功，又在太平砦的北面作戰，獲取了一點戰果。
等到戒嚴解除後，變蛟被留下來駐守遵化。
他的部下都是陝西兵，因想念家鄉，有許多逃亡的人，變蛟對他們加以追捕、斬殺後軍心才安定下來。
這時張獻忠、羅汝才投降以後又再次反叛，陝西又開戰了。
總督鄭崇儉請求讓變蛟率兵西去，莊烈帝不答應，不久任用變蛟當了東協總兵官。
十三年(1640)五月，錦州告急，變蛟跟随總督洪承疇出關，駐守甯遠。
七月，同援剿總兵官左光先、山海總兵馬科、甯遠總兵吳三桂、遼東總兵劉肇基在黃土台以及松山、杏山遇上大清部隊，雙方互有傷亡，大清部隊退後駐紮到義州。
承疇打算讓變蛟、光先、馬科的部隊進關來養精蓄銳，留吳三桂、劉肇基的部隊在松山、杏山之間活動，假裝着進攻的樣子。
後來又請求解除劉肇基的官職，讓王廷臣取代了他；派遣光先西歸，以白廣恩接替了他。
兵部讨論後都同意了他的意見。
然後承疇又請求調遣附近的邊防部隊聯合關内外将士十五萬人以備防守。
承疇的意見認為，軍隊出征軍糧也應随行，一定要湊足一年的糧草然後才能讨論增加兵力。
莊烈帝認為是這樣，就下令有關部門迅速湊齊供給他。
朝廷召集宣府總兵楊國柱、大同總兵王樸