得到收複。
這時莊烈帝命令兵部侍郎呂大器接替了侯恂，侯恂解任後回家，中途又被逮捕了。
良玉知道是因為自己的緣故，心中悶悶不樂，就同大器産生了矛盾。
賊兵接連攻占建昌等府縣，大器沒有兵力不能救援，良玉也不去援助。
進忠在嘉魚同賊兵争戰，兩次失利，良玉的軍隊從此一蹶不振了。
後來碰上張獻忠從荊河進入四川，良玉派兵前往追擊，駐紮在離荊州七十裡的地方。
荊州、襄陽一帶的賊兵因為自成入關去了，大家都懈了氣，良玉偵察到這一點，就派副将盧先祖北上攻打随州、棗陽、承德，派惠登相從均山、房縣，劉洪起從南陽繞到賊兵後面，收複無賊兵占領的地盤作為自己的功勞。
十七年(1644)三月，朝廷下诏封良玉為甯南伯，給他的兒子夢庚平賊将軍的大印，大功告成以後就讓他們父子世代把守武昌。
又命令給事中左懋第順路經過時督促他出兵作戰，良玉于是按年月拟定了一份出兵計劃交了上去。
他的奏疏交上後還沒有得到朝廷的答複，就聽說京師被打了下來。
良玉部下的将領人心惶惶，因為江南擁立了新皇帝，請求率兵東下。
良玉痛哭失聲，發着誓言不許他們東下。
副将馬士秀說“：哪個不聽左公命令要東下，我殺了他！”并在大船上架起大炮截斷長江航線，大家這才平靜下來。
福王繼位後，晉升良玉為侯，蔭封他一個兒子為錦衣衛正千戶，并且一同加封黃得功、高傑、劉澤清、劉良佐為四鎮軍官，都蔭封他們的子孫世襲官職。
把長江上遊的事專門委托給了良玉，不久又加封他為太子太傅。
當時李自成在山海關戰敗了，良玉利用這個時機收複了湖北西部的荊州、德安、承天。
湖廣巡撫何騰蛟以及總督袁繼鹹住在江西，他們都跟良玉很友好，南都就把這一帶靠作屏障。
良玉擁有八十萬兵力，号稱百萬，前五營是他的親兵，後五營是投降過來的士兵。
每年春秋時節在武昌的各座山頭上操練兵馬，每座山上隻有一種顔色的旗幟，山谷中都給插遍了。
演習的辦法是用兩個人并排騎馬飛馳，稱作“過對”。
馬蹄聲震天動地如打響雷，幾裡外都能聽到。
東部各鎮的兵馬隻有高傑最強，但也遠遠趕不上良玉的兵力。
不過良玉自從朱仙鎮一戰失敗以後，精銳的兵力差不多喪失完了，後來歸附他的大都是一些烏合之衆，軍容看起來壯觀，但良玉不能很好地駕馭部下了。
良玉的家在許昌被消滅，他在武昌時，各軍營的将領都通宵達旦地有歌妓舞女相陪，良玉自己總是潔身獨處。
有一次他夜間設宴招待部下，召來了十多名軍妓過來上酒，她們在房裡走來走去，不一會兒良玉向左邊側着臉咳了幾聲，這些軍妓們趕忙依次退出了。
賓客們為之肅然起敬，沒有哪個敢擡頭看他。
良玉對部下的駕馭很得體，就象這件事一樣，他受到了部下的佩服。
但是這時良玉已經年老并且多病，沒有收複中原的雄心了。
良玉的做官曾得力于侯恂的推薦。
侯恂本是東林黨人。
馬士英、阮大铖掌權後，擔心東林黨人依靠良玉跟自己為難，就口頭上虛僞地跟良玉結交，暗中忌恨他，并修築闆機城作為向西防禦的屏障。
良玉歎着氣說“：現在西面有什麼好防的，大概是防我吧！”适逢朝廷中的各種事情一天不如一天，監軍禦史黃澍仗着良玉的勢力當面頂撞了馬士英、阮大铖。
黃澍返回後，朝廷派遣錦衣官員來逮捕黃澍，良玉把黃澍留下不肯交出。
于是黃澍與其他一些将官天天請良玉出兵清除皇上身邊的壞人，良玉猶豫不決，沒有答應。
不久，北來太子一事發生了，黃澍借此機會激發大家的怨氣借以報複自己的仇恨，召引了三十六營大将與自己結盟。
良玉于是下定了造反的決心，發布檄文讨伐馬士英，從漢口到蕲州，排列了二百多裡長的軍艦，浩浩蕩蕩地順江東下了。
當時良玉的病情已經很嚴重，到九江後，他邀請總督袁繼鹹進他船中來，從袖中拿出一道密旨，說是皇太子送來的，以此來劫持當地的将領與自己結盟，繼鹹嚴詞拒絕了他。
良玉的部将郝效忠暗中進入九江城，放火把城燒毀就離開了。
良玉看着城中的火光，說：“我對不起袁公啊！”當場吐了幾升血，這天夜裡就死了。
當時是順治二年(1645)四月。
各位将領秘不發喪，共同推選他的兒子左夢庚為軍主。
七日，大軍東下，朝廷傳令讓黃得功渡江防守，剿滅叛軍。
當初，夢庚自立為總帥，騙繼鹹到池州來聽取聖旨。
繼鹹到池州後，就秘密上書報告朝廷，因為交通阻塞，奏章沒能傳到南京。
惠登相當初是個賊寇，投降後給良玉當了副将。
各路大軍從彭澤沿江而下，連續打下建德、東流，破壞了安慶城，隻池州沒打下來。
夢庚寫信對登相說“：留下它等待後來的部隊攻打吧。
”登相大罵說：“這樣的話，我還不如以前當流賊那陣子了，怎麼對得起先帥左将軍呢！”就傳令讓他的部隊返回。
夢庚看黑旗船隻撤兵西上，要了一艘快船追上來，登相和他見面後大為傷心。
因為夢庚成不了大事，登相就率兵渡過長江走掉了，其他将領于是決定回師。
當時大清兵已經打下了泗州，逼近儀真。
夢庚就和黃澍一起帶着部隊在九江投降了大清。