徐石麒，字寶摩，嘉興人。
天啟二年(1622)進士。
初任工部營繕主事，管理節慎倉。
魏忠賢當時兼領惜薪司，所需都由節慎倉支出，石麒總是按常規拒絕他的不合理要求。
魏忠賢的黨羽們在院子裡跟他吵鬧，石麒也不為所動。
禦史黃尊素因為觸犯忠賢被逮入皇家監獄，石麒為營救他盡心盡力。
忠賢惱了，把新城侯王升的兒子抓進監獄，讓他假稱賄賂過石麒，然後抓了石麒的家人，勒索罷贓物後把石麒剝奪了官籍。
崇祯三年(1630)，朝廷起用石麒為南京禮部主事，馬上就升用為考功郎中。
八年他協助尚書鄭三俊進行考察百官，裁減得極為公正。
之後他曆任尚寶卿、應天府丞。
十一年春天石麒進京朝賀，三俊當時擔任刑部尚書，因為讨論侯恂的案子不符合上意，正被問罪，石麒上書營救，莊烈帝釋放了三俊。
石麒在南京做官十多年，到現在才進京當上左通政，曆次升任光祿卿、通政使。
十五年(1642)升任刑部右侍郎，審理吏部尚書李日宣等人的案子時，莊烈帝說“：拜相這樣的大事，日宣竟然自我吹噓、徇私舞弊！”石麒給予輕判，把他貶官兩級。
原來朝廷公選閣臣，日宣一推又推，才推薦出副都禦史房可北、工部右侍郎宋玫、大理寺卿張三谟，石麒也在名單中。
莊烈帝召見他們到便殿問話時，隻有石麒沒有去。
到這個時候莊烈帝惱火了，把日宣及吏科都給事中章正宸、河南道禦史張煊等充了軍，把可仕、宋玫、三谟及審理此案的左侍郎惠世揚罷了官。
石麒接替世揚掌管了刑部事務，不久晉職為左侍郎。
那個時候，莊烈帝正用嚴刑駕禦臣下，法官援引法律，大都深文附會予以重判。
石麒奉命清查官司時，就講究律令本意，校正當時斷案不合律令的十多條，先告訴了同事，然後依次審理十三司的囚徒，大多有所放寬、減刑。
但是他廉明公正，一時間國法聲威大振，無人敢存幸免的心理了。
兵部尚書陳新甲關進監獄後，朝臣中有很多人營救。
石麒反對說：“人臣沒有國境之外的結交，沒有身在朝廷，辦事時不報告君父而一意便宜行事的道理。
新甲私自議和，有辱國格，罪行相當于失陷城寨的條款，應予斬首。
”莊烈帝說“：這樣判不合乎法律，可以另行判決。
”石麒于是議論說新甲丢失了四座邊城，七十二座内地城鎮，使七處藩王淪滅，這是自古以來不曾有過的奇禍。
他的罪行相當于臨敵畏戰，不按期進兵策應，因而失誤軍機的條款，應予斬首。
石麒的奏議交上後，新甲被斬首街