頭，新甲的黨羽都對石麒極為惱恨。
石麒不久升任本部尚書。
宦官王裕民因為和劉元斌是同夥，元斌縱容部下奸淫、搶劫被處死，裕民因為欺騙主上不加檢舉被關進監獄。
莊烈帝想殺他，開始命令三法司共同審理，後來專門交給了刑部。
石麒決定把他充軍到煙瘴地面去，奏議寫完後一并署上了按察院、大理寺的官員交了上去。
莊烈帝惱這個判決判得太輕，召都禦史劉宗周來質問，宗周回答說“：這個案子不是我審的。
”慢慢地又說“：我雖然沒參加審問，但看過審訊記錄，這個判決已經很周到地考慮了整個事實。
刑官所掌握的尺度是法令，法令隻到此為止，石麒并不是偏向裕民。
”莊烈帝說：“這個奴才欺君罔上實在過分，你們哪裡知道呢？”于是命令石麒修改了獄詞，把裕民斬首街頭。
不久宗周因為搭救姜土采、熊開元被重貶，佥都禦史金光辰搭救宗周被奪了官。
石麒兩次上書請留用宗周，莊烈帝不聽。
姜土采、開元關進皇家監獄後，移交刑部定罪，石麒根據原來的審訊記錄判處開元贖徒，姜土采充軍，沒有再進行拷訊。
莊烈帝責成他上書解釋，石麒便援引慣例做了回答。
莊烈帝大為惱火，把法司官員給除名三個，石麒被落職閑住。
福王監國後召拜石麒為右都禦史，尚未上任，就改任為吏部尚書。
石麒進言論說了裁減百官，慎行破格，任官要久，重視等級名分，嚴格起用廢籍，公開地進行保舉，鼓勵朝臣廉潔互助等七件事。
當時正在進行考選，石麒與都禦史劉宗周發誓公正地進行甄别，根據年例決定把禦史黃耳鼎、給事中陸郎調出外任。
陸郎賄賂宦官得到留用，石麒揭發了他的罪證。
陸郎惱恨了，大力攻擊石麒，石麒上書稱病，請求離休。
耳鼎也兩次上書彈劾石麒，并且說他屈死了陳新甲。
石麒又上書辯解，更加堅決地請求離任。
馬士英起草了一道嚴厲的诏書，福王不答應，命令石麒乘坐官方車馬返回家鄉。
石麒為人剛正、清廉，被掌權的奸臣遏制，在位時郁郁不得志。
士英倚仗迎立福王的功勞謀取封爵，石麒拒絕了他。
宦官田成等納取賄賂，為他人求情，石麒都拒不答應。
由此朝廷内外都有人怨恨他，到頭來把他排擠走了。
石麒走後，朝廷因為福王登基的恩典，給他加官太子太保。
第二年，南都淪亡了。
當時石麒住在郡城外邊，城即将被打下時，他說“：我是朝廷大臣，應當城亡身亡！”又住到城中去，在這年閏月二十六日那天身穿朝服上吊自盡了，終年六十八歲。