有一百多裡長，總兵祖寬把他們打得大敗。
大典會同總理盧象升追襲賊兵，又打敗了他們。
然後急忙回師在鳳陽遏止大批賊兵的進攻，賊兵才撤退了。
十一年，賊兵又進入江北，打算竄入茶山。
大典與安慶巡撫史可法率兵阻止他們，賊兵于是向西逃跑了。
大典因為丢失州縣，被貶官治事。
這年四月又因為超過期限未能平賊，又被貶官三級。
不久評定援剿賊兵以及漕運的功績，完全恢複了他的官職。
十三年，河南賊兵聲勢浩大地進犯湖廣。
大典派遣将領前去援救，多次立功，被提拔為兵部左侍郎。
第二年六月命令大典總管江北以及河南、湖廣的軍務，仍然坐鎮鳳陽，專門辦理平定流賊的軍務，讓史可法取代他掌管漕運。
賊兵将領袁時中率領幾萬兵力橫行在颍州、亳州之間。
大典率領總兵劉良佐等擊敗了他們，程度不同地得到記功獎賞。
大典有保衛國家的功勞，但不能廉潔奉公，因而多次被給事中方士亮、禦史鄭昆貞等人彈劾，朝廷下令把他剝奪官籍，等候查處，事情還沒有了結，東陽地方許都的事又發生了。
許都是一個學生，憑着意氣，因憤恨縣令搜刮百姓，在當地造反，圍攻金華。
大典的兒子朱萬化招募勇敢的年青人抵禦他們，剿平賊寇後招募的人員沒有疏散。
大典聽說後，趕忙騎馬回家。
知縣徐調元在查許都的叛軍花名冊時發現上面有萬化的名字，就說大典縱容自己的兒子與賊兵勾結。
巡撫禦史左光先把這事報告了朝廷，奉旨逮捕大典父子治罪，把他的家産抄沒充當軍饷，并且命令督賦給事中韓如愈前往催促當地官員予以執行。
後來京都陷落，福王即位。
有人在朝中替他辯白，而且大典也同馬士英、阮大铖結好，于是被召為兵部左侍郎。
過了一個月，晉升為尚書，總管長江上遊的軍務。
左良玉舉兵東下，福王命令他監督黃得功的軍隊抵禦左良玉。
福王逃往太平，大典與大铖在船中觐見，發誓竭力作戰。
得功死後，福王被俘，他和大铖兩個人于是逃往杭州。
恰好潞王也投降了，大典才回到家鄉所在的金華郡，占據城堡頑強地防禦。
唐王聽說後，就原地加封他為東閣大學士，督管浙東的軍隊。
過了一年，城被攻下，大典全家與城共亡了。