，大肆焚掠，兵逼臨清。
國維召集自己部下的兵力打擊并降服了他，把他交給朝廷，在京師街頭把他肢解了。
兵部尚書陳新甲入獄後，莊烈帝召國維入朝替任。
國維于是拟定了戰守賞罰的标準，上書提出嚴格世襲官員，斟酌推薦升用，認真對待大臣的題本和對他們的咨詢等七條意見，莊烈帝都回答說可以。
當開封失陷，黃河以北受到震動時，國維又遞上保防黃河的幾條辦法，莊烈帝也采納了他的意見。
十六年四月，我大清部隊攻進京師郊區，國維傳令趙光扌卞在螺山抵抗，八個總兵的部隊都潰敗了。
言官因此攻擊國維，他被解除了職務，不久又被關進監獄。
莊烈帝記起他治河的功勞，他才被放出來。
後來，莊烈帝在中左門召他問話，恢複他的原職，讓他兼任右佥都禦史，趕往江南、浙江管理練兵、運饷等事務。
國維離開北京才十天，北京就失陷了。
福王召國維到南京協理軍政，不多日子，評定他在山東讨賊的戰功，給他加官太子太保，蔭子錦衣佥事。
吏部尚書徐石麟離職後，大臣們讨論讓國維接任，馬士英不用他，而用了張捷。
國維于是請假探親，回鄉去了。
南京失守一個月後，潞王在杭州監國，沒幾天就投降了。
閏六月，國維到台州朝見魯王，請魯王監國。
魯王當天就移駐紹興，提升國維為少傅兼太子太傅、兵部尚書、武英殿大學士，讓他在錢塘江上統帥部隊。
總兵官方國安這時也從金華來了。
馬士英一向跟國安要好，現在躲在他的部隊中，申請入朝。
國維彈劾了他十大罪狀，士英才不敢入朝。
國維連續收複了富陽、于潛，在沿江的要害地帶紮下木城防守，聯合了國安及王之仁、鄭遵謙、熊汝霖、孫嘉績、錢肅樂的各支部隊，想做好持久戰的打算。
順治三年(1646)五月，國安等各軍因為缺饷潰敗，魯王逃到台州航行離去，國維也返回家鄉東陽防守。
六月，他看到大勢已去，無法支持下去，寫了三首絕命詩，赴水自殺了，終年五十二歲。