回師恢複了武昌。
朝廷決定讓呂大器來接任總督，讓繼鹹仍舊去管理屯田事務。
大器、良玉之間不和，長江、袁州一下子都淪陷了，朝廷又推出繼鹹替換了大器。
繼鹹才到達九江，京師就失守了。
福王在南京即位後，向武昌頒下诏書，良玉不願拜領。
繼鹹寫信過去說福王輩份、排行該當皇帝，良玉才拜領了。
繼鹹入朝時，高傑剛剛被封為興平伯。
繼鹹說：“封爵是用來獎賞有功的人的。
無功而封，有功的人就得不到激勵。
驕橫的人受了封，往後驕橫的人會更多。
”福王說：“事情已經辦了，又該怎樣？”繼鹹說“：馬士英拉高傑渡江而來，應該讓他前往安撫高傑。
”福王說：“他不想去，輔臣史可法願意去。
”繼鹹說“：陛下剛即位，固然應當用恩惠籠絡人心，但尤其應當用法紀來安定人心。
希望陛下振作精神，嚴明法紀。
冬春之際，淮河一帶未必沒有戰事。
我雖然笨拙，但願意陪陛下前往成就澶淵戰役那樣的成功。
”福王面有難色。
于是繼鹹走近福王的座前輕聲低語說“：左良玉本人雖然沒有二心，但他的部下有很多降将，這些人恐怕不是孝子賢孫。
陛下剛剛登上皇位，人心危疑，不可不防備意外，我應該星夜趕回我的兵營才是。
”福王答應了他。
繼鹹又趕到内閣批評史可法不應當封高傑為伯，士英對他懷恨在心。
不久繼鹹又上書陳述守衛國家，實現太平的大政方針，其中援引宋高宗任用黃潛善、汪伯彥的事，又影射了士英。
正好湖廣巡按禦史黃澍彈劾士英的十大罪行，士英起草诏書，要把他逮捕治罪。
黃澍就和良玉商量，暗中鼓動将士大吵大鬧，要到南京去領取軍饷，保護黃澍。
繼鹹替他們截留了長江上運送的糧食十萬石，饷銀十三萬兩，撥給了他們，又上書代黃澍申辯，用良玉倚仗黃澍為理由請放回黃澍。
士英迫不得已，就沒有逮捕黃澍。
繼鹹和士英發生矛盾以後，他給朝廷的奏請都被擋回不用。
第二年正月，繼鹹上書說：“元旦節，是人臣應該磕頭在地，舉杯慶賀的日子，也是陛下應當痛定思痛，卧薪嘗膽的時候。
而今大恥未雪，陛下應該認為周宣王那種天不明就詢問時間想要做事的精神是值得學習的，認為後世君主那種通宵濫飲、角抵遊