萬元吉，字吉人，南昌人。
天啟五年(1625)進士。
初任潮州推官，後來調補歸德。
期間他捕獲了大盜李守志，解散了他聚集起來的喽羅。
崇祯四年(1631)全國官吏大考核，他被貶了官。
十一年秋天，朝廷采納曾櫻對他的舉薦，讓他以永州檢校的身份代理推官的職責。
過了兩年，督師楊嗣昌推薦他有才幹，朝廷讓他改任大理右評事，到楊嗣昌軍隊裡負責監察軍紀。
嗣昌把他用作左右手，将領們也心悅誠服，他在部隊裡奔走勞作，未曾睡過一個晚上安生覺。
嗣昌死後，元吉因為替母親守喪回鄉去了。
十六年複出，擔任南京職方主事，又升為郎中。
福王登基後，他仍舊擔任郎中。
因為四大兵鎮不和，他請求讓自己奉命前往開導，又請求撥一萬兩銀子到揚州犒勞高傑，用大義教導他，命令他駐守江、淮。
然後萬元吉渡過長江奔赴各位大将的軍營中去。
高傑與黃得功、劉澤清三人當時正在争奪揚州，元吉給得功寫了一封信，讓他和大家一起輔佐朝廷，得功寫了一封回信，和元吉的意思相同。
元吉于是把得功的信抄給澤清、高傑兩個看，他們三個人之間的嫌疑于是逐漸消釋了。
朝臣們讨論認為元吉能夠安定各大兵鎮，提拔他當了太仆少卿，讓他監視長江以北的軍務。
元吉人在外邊，卻不忘朝廷，幾次上書評議政事。
他曾請求朝廷編寫《建文實錄》，恢複他的皇帝尊号，并把他給原先懿文太子追加的尊号予以歸還，在他的陵園中祭祀他，用建文皇帝陪享，并且立即表彰當時死難的大臣們，以及近來京師失陷時殉難的四方臣僚，以便振作臣民忠心報國的勇氣。
福王聽從了他。
元吉還上書說：“先帝天資英武，立志振興國家，可是事實上禍亂更加嚴重。
這是由于政策寬大、嚴厲二者的運用雙方面都偏輕偏重了，聽取意見的方式太偏頗了。
“先帝當初懲治不法宦官的專權，任用群臣百官都力行寬大。
大臣們習慣于此，就争論意見的異同，忽略了防患措施的準備，敵人打到京郊來，他們都束手無策了。
先帝這下極為惱火，壞人就乘機引導他采用嚴厲的政策。
于是廷杖用得越來越多，對地方上增派練饷，使得在朝官員救過不暇，下邊的百姓無複聊生，朝廷說起來是振作了，但是敵人還是一樣的強大，盜賊的禍害更加擴大了。
在十多年時間裡，小人主張的嚴厲政策無非如此。
先帝自己後來也後悔了，又采用寬大政策，一反其規，天下人都認為可以實現太平了。
大臣們又開始競行賄賂，肆意欺騙先帝，政治風氣每況愈下，又一次引發了先帝的怒火。
先帝正忙着開殺戒，國家緊跟着就覆滅了。
大概說來