在樟樹鎮進攻賊兵，峽江、永新二郡都得到收複。
過後建昌、撫州失陷，良玉、大器兩人不和，兩家的部隊私鬥，燒毀了南昌城關的鄉村。
朝廷因此決定讓大器改任南京兵部右侍郎，讓袁繼鹹替換了他。
十七年(1644)四月，京師淪陷了，南京的大臣們讨論立新皇帝。
大器同意錢謙益、雷纟寅祚的主張，打算立潞王。
還沒有确定下來，馬士英和劉澤清等将領簇擁着福王來了。
福王登基後，提升大器為吏部左侍郎。
大器因為以前的不同意見沒能實現，自感不安，就上書彈劾士英，說他擁兵入朝，厚顔無恥地在朝廷中逗留不去，翻先皇帝親定的逆案，想把阮大铖塞進内閣。
他的兒子花了幾個臭錢就當上都督，他的妹夫沒上過戰場竟官拜總兵，他自己的姻親越其傑、田印、楊文骢本來是先朝的罪人，現在卻高官厚祿，這些豈不是壞亂了等級名分。
“像吳生生、鄭三俊，我不敢說他們一點過失也沒有，但他們正直、寬容、大方，到底是天下好人們所心服的對象；士英、大铖，我不敢說他們連一技之長都沒有，但他們自私、虛僞、邪惡，終究會成為國家無窮盡的罪魁禍首。
”他的奏疏遞進去以後，福王以和好共處，體諒國家答複了他。
不久，澤清入朝，彈劾大器、纟寅祚心中在圖謀不軌。
大器于是請求離職回家，臨行之前親手把福王監國告廟的文件抄了一份送到内閣，表明自己别無他念。
士英對他懷恨不已，又讓太常少卿李沾彈劾他。
朝廷于是剝奪了大器的官籍，又命令法司把他逮捕問罪。
因為四川的領土全部失陷，無法找到他的人影才罷休。
大器被趕走後，李沾被破格提拔為左都禦史。
謙益也因為追随士英、大铖，得以出任禮部尚書。
隻有纟寅祚被判了死刑。
第二年，唐王把大器召為兵部尚書兼東閣大學士。
因道路阻隔，很久他才到任。
汀州失陷後，他逃奔到廣東，與丁魁楚等人一起擁立永明王監國，永明王讓他以原官兼管兵部事務。
很久以後，升他為少傅，讓他統領西南所有的軍隊，接替了王應熊，又賜了他尚方寶劍，讓他享有見機行事的權力。
到涪州以後，他和将軍李占春深相結交。
别的将領楊展、于大海、胡雲鳳、袁韬、武大定、譚弘、譚詣、譚文等都接受大器的管轄。
宗室朱容藩自稱天下兵馬副元帥，駐兵夔州。
大器傳令占春、大海、雲鳳讨伐，把容藩殺掉了。
大器到思南後得了病，返回途中駐在都勻死掉了。
永明王給他加谥号為“文肅”。