呂大器，字俨若，遂甯人。
崇祯元年(1628)進士。
初任行人，升為吏部稽勳主事後又先後在四個司裡任過職，然後請假回鄉。
他看到遂甯城的城牆低矮而且不結實，就倡議加以修建。
工程剛剛完畢，賊寇來了，他幫助地方官拒敵守城，遂甯得以保全。
朝廷下令給他升官一級。
回朝以後，大器到地方上擔任了關南道參議，又升為固原副使。
期間，巡撫丁啟睿傳令讓他去征讨長武的賊寇，他采用挖地洞火攻的辦法消滅了賊寇。
十四年(1641)，大器提升為右佥都禦史，巡撫甘肅。
他彈劾了總兵官柴時華的不法行徑，朝廷就解除了時華的職務，馬上派副将王世寵接替了他。
時華向西邊的部落借了兵，和土魯番一起制造動亂，大器命令世寵前往讨伐，打敗了時華和西邊的部落兵，時華自焚死了。
塞外爾疊選、黃台吉等擁兵請賞，打算侵犯肅州，肅州守臣把他們打走了。
大器借着犒賞他們為名，在他們飲馬的泉水中投了毒，毒死了他們無數人。
又派總兵官馬火廣帶領副将世寵等人去讨伐叛亂的各番，斬獲首級七百多，招安三十八個部落，然後返回。
又打敗了那裡叛賊的餘黨。
西部邊境基本上安定了。
十五年六月，朝廷任命他為兵部添注右侍郎。
他仗着自己有本事，性情剛強、急躁，善于避事。
當時他看到天下大亂，怕擔任軍隊中的職務，所以極力推辭，并且給吏科投上一封帖子，說自己好酒，好色，貪财，一定不勝任。
崇祯皇帝催他來京師，他詐稱有病不去，又下了一道嚴厲的诏書批評他，他還是不去，崇祯皇帝命令有關部門調查後回奏，第二年三月他才到京。
崇祯皇帝命令他以原官兼右佥都禦史，總督保定、山東、河北的軍務。
當時京城郊區還沒有解嚴，大器和其他将領和應薦、張汝行飛馬前往扼守順義的牛欄山。
總督趙光扌卞會合各鎮兵力在螺山大戰，應薦陣亡，别的将領也多次失敗。
大器領的部隊沒出過什麼事，被提升了一級官俸。
五月，因為保定戰事結束，停設總兵官，特設江西、湖廣、應天、安慶總督，駐九江，大器擔任了這個職務。
湖北的地盤當時已丢失了，武昌也淪陷了，左良玉駐紮在九江，自稱有病不出兵。
因為侯恂的緣故，良玉懷疑大器來是要暗算自己(這件事的叙述見于《良玉傳》中)。
大器親自到病榻前進行慰勞，良玉的懷疑方略為解消。
後來張獻忠在湖南大搞破壞，分派部隊打下袁州、吉安。
大器趕忙派自己的部将和良玉的部隊