旋而回。
此後王祥等又收複了保甯等兩個府，一蘅再次駐兵于長江之上，制定了恢複整個四川的計劃，然後向永明王上書講了善後事宜及各将的功績。
永明王任命一蘅為戶、兵二部尚書，加官太子太傅，對王祥、楊展、天錫等人也不同程度地進行了加官進爵。
當時應熊已死，宗室朱容藩、原偏沅巡撫李乾德都以總制身份來到四川，楊喬然、江爾文以巡撫身份來了，大家各自設立衙門，官多于民。
各員大将袁韬占領着重慶，于大海占着雲陽，李占春占着涪州，譚詣占據巫山，譚文占據萬縣，譚弘占據天字城，侯永錫占據永甯，馬應試占據蘆衛，王祥占據遵義，楊展占據嘉定，朱化龍、曹勳仍然占據着原先的地盤。
搖天動、黃龍等各家部隊占據着夔州、夾江兩岸，李自成的餘黨李赤心等十三家兵也駐紮在建始縣。
一蘅的軍令執行不下去，僅僅能保住叙州一府而已。
順治五年，容藩自稱是楚王的世子，在夔州設立行宮，稱王設官。
當時喬然已升任總督，範文光、詹天顔分别升任川南、川北巡撫，呂大器以大學士的身份來督師，大家都讨厭容藩，打算殺掉他。
六年春天，容藩就被占春打敗，逃走後死在雲陽。
原先楊展和王祥有矛盾，派自己的兒子楊瞡新去攻打王祥。
瞡新先襲擊、殺死了應試，然後跟王祥開戰，敗回。
乾德羨慕楊展富有，勸說袁韬、大定殺掉楊展，瓜分了他的财産。
一蘅批評了乾德，各鎮将領也都氣憤不平，于是官軍内部開始離心離德了。
秋季九月裡，孫可望派白文選攻殺了王祥，收降了他的二十多萬部隊，占領了整個遵義、重慶。
一蘅更加孤立無助了。
七年秋天，可望又派劉文秀大敗武大定的軍隊，長驅直入來到嘉定。
大定、袁韬都投降了，乾德投水自殺了。
文秀的部隊繼而東下，譚弘、譚詣、譚文都投降了。
占春、大海向大清投降了。
第二年正月，文秀回到雲南，留下文選把守嘉定，劉鎮國留守雅州。
三月，大清部隊南征，文選、鎮國挾持曹勳撤走，文光、天顔、化龍相繼死掉。
一蘅當時已經不過問軍事，避居在山中，這年九月也生病去世了。
明朝在四川的文武将吏至此全部死去了。