式耜也上疏批駁了他。
式耜雖然在地方上，朝廷有什麼過失，他一定會上書進谏。
他曾說過：“我與主上患難相随，休戚與共，不同于其他大臣。
朝中的一切大事，我應當知道。
”永明王為此表揚、采納了他的上書。
而這時成棟的兒子元胤專制朝政，懂得尊敬式耜，袁彭年、丁時魁、金堡等于是就争着追随式耜。
六年正月，時魁等人驅逐朱時麟，不想讓何吾驺做首輔大臣，召式耜入朝值勤，把文淵東閣大學士的官印給了他，但式耜最終還是沒有入朝。
不多久，騰蛟、聲恒、成棟相繼戰敗身亡，國家形勢危急。
可是朝廷中間的官員都還在扶植黨羽相互争鬥，式耜也不能夠制止他們。
七年正月，南雄被打了下來。
永明王害怕了，逃往梧州。
大臣們攻擊時魁等人，把他們打入監獄中，式耜七次上書挽救他們。
胡執恭擅自封賞孫可望，式耜上書請求斬了他，永明王都沒有聽取他的建議。
九月，全州被攻占。
開國公趙印選居住在桂林，衛國公胡一清請把守榕江，與甯遠伯王永祚都害怕得不敢出兵，大清兵于是進入嚴關。
十月，一青、永祚到桂林分取糧饷，榕江沒有防守的軍隊，大清兵得以更加深入。
十一月五日，式耜傳令印選出戰，他卻不肯出兵，二次催促他後，他就帶領全家逃跑了。
一青及武陵侯楊國棟、綏甯伯蒲纓、甯武伯馬養麟也逃跑了。
永祚向大清兵迎降，桂林城中沒有一個士兵守護。
式耜孤單地端坐在府邸中，他的家人也疏散了。
他的部将戚良勳請求他迅速上馬離開，式耜堅決不聽，把他喝退回去。
過了一會兒總督張同敞來了，發誓要和他一同死，兩個人開始相對飲酒，一個老兵在一旁侍候他們。
式耜召來中軍徐高把敕文、官印交給他，囑托他騎馬送到永明王那兒去。
這天晚上，他們兩人點上蠟燭在室内正襟危坐。
黎明時分，大清部隊的幾個騎兵來了。
式耜說“：我們等死已經等很久了。
”接着就跟着他們走了，到達清兵營部就叉着腿坐在地上。
叫他們投降，他們不肯聽從，就被囚禁在民房中。
他們兩人每天賦詩相唱和，總共寫了一百多首詩。
到閏十一月十七日，他們即将被執行死刑時，蒼天忽然電閃雷鳴，半空中傳來三聲巨響，周圍的人都感覺到奇怪。
式耜就這樣與同敞一起死了。
同敞是大學士張居正的曾孫，他的事迹詳見于《張居正傳》。