，元晔等人也不同程度地升了官。
式耜當初請永明王返回倉州，永明王不聽。
後來，請求他回到桂林。
永明王已經答應，碰上武岡失守，永明王從靖州逃往柳州，式耜又請永明王回到桂林。
十一月，大清兵從湖南逼近全州，式耜同騰蛟一起打退了我軍。
後來，梧州又被打下來，當時永明王正在象州，打算逃往南甯。
因為大臣的竭力勸阻，才在十二月份回到桂林。
五年(1648)二月，南安侯郝永忠駐守桂林，厭惡城外的團練兵，就把護城河東的十八個村莊全部攻打下來了。
殺死無數的百姓，并且同式耜制造矛盾。
式耜極力和解，永忠才駐軍興安。
大清兵前進到達靈州，永忠戰敗，跑回桂林，請求永明王當晚上就向西逃。
式耜竭力勸阻，永明王沒有聽他。
周圍的人都請求永明王立即出發，式耜又極力争辯。
永明王說“：你隻不過是想讓我為國家捐軀罷了。
”式耜為勸說永明王流下的淚都沾濕了衣襟。
結果還是沒有用。
永明王剛走，永忠就大肆搶劫，用棍子打死了太常卿黃太元，式耜家裡也被搶劫了，家人假借騰蛟的令箭才得以出城逃命。
中午，趙印選的軍隊從靈川到來，也大肆搶劫，桂林城内外被一洗而空。
永忠逃到柳州，印選等逃往永甯。
第二天，式耜滅掉城中還在燒着的火灰，安撫周圍地區的人民。
焦琏以及周金、湯兆佐、胡一青等各自率領的部隊到來，何騰蛟的部隊也到了。
三月，大清兵得知桂林發生兵變，前來襲擊，抵達北門。
騰蛟率領各位将領防禦作戰，桂林城得以保全。
當時永明王駐在南甯，式耜派遣使者過去慰問三宮起居的情況，永明王才知道式耜沒有什麼危險，并為他流下了眼淚。
閏三月，廣東李成棟、江西金聲恒都背叛大清，占據着當地歸附永明王。
式耜請求永明王回到桂林。
永明王聽從成棟的請求，打算前往廣州。
式耜擔心成棟挾持天子，自我尊大，像劉承胤所做過的那樣，就極力勸阻，于是永明王駐在了肇慶。
十一月，永州、寶慶、衡州都得到收複。
式耜認為有機會可乘，請求永明王回到桂林，謀劃出兵湖北的計劃，永明王沒有采納他的建議。
慶國公陳邦傳把守浔州，自稱陳家也要守廣西，想仿效黔國公的事例。
式耜特意上書彈劾他，正好朝廷内外有許多人争論此事，邦傳才罷休了。
廣西巡撫魯可藻自署官銜巡撫兩廣，