府，孚遠擒斬首領，平定禍亂。
給事中耿随龍、禦史甘士價等彈劾孚遠，皇帝并不問罪。
福建寺廟田地甚多，孚遠将其十分之六沒收入官有。
又募民開墾海地八萬三千畝，築城建營房，屯兵防守，并請将此法推行到南日、澎湖及浙中之陳錢、金塘、玉環、南麂諸島，均得到朝廷的批準。
在福建三年，後調任南京大理寺卿，随即升兵部右侍郎，改左侍郎，又調任北京兵部左侍郎。
行至中途被彈劾。
他多次上書請求辭職返鄉，最後才允準。
在家數年而逝，贈南京工部尚書，後谥恭簡。
孚遠深信良知之說，而厭惡把良知之學引入佛學。
任建昌知府時，與該府人羅汝芳所講之學不合。
在南京做官時，與汝芳門人禮部侍郎楊起元、尚寶司卿周汝登，一同主持講座。
汝登以性無善無惡為基本思想，孚遠做《九谛》來進行辯駁，文中說：“文成公的宗旨原與聖人之徒無異，認為性無有不善，故知無有不良，良知即存在于未表現出來之前，其主論至為明白清楚。
所謂‘無善無惡心之體’一語，是指良知未顯現出來時寂靜存在而言，止表明為一“靜”字，與下面三句話連讀才沒有問題。
如今說以心意知物，皆無善惡可言，這不是對文成學術思想的真正繼承。
”彼此争辯，意見更加不合。
孚遠在巡撫福建時，又與巡按禦史陳子貞的意見不合，子貞督學南京時，暗示同僚收集材料彈劾孚遠。
随從孚遠求學者有馮從吾、劉宗周、丁元薦，皆為當時名儒。