許孚遠，字孟中，德清人，受業于同鄉唐樞。
嘉靖四十一年(1562)進士，授南京工部主事，随即改為吏部主事。
其後，調北京吏部主事。
吏部尚書楊博讨厭孚遠講學，乘考核京師朝官之時，将浙江的官員罷除了幾乎一半，而楊博的家鄉山西無一人罷黜。
孚遠在背後議論此事，楊博不高興，孚遠便稱病離去。
隆慶初年，内閣首輔高拱舉薦起用孚遠為考功主事，出任廣東佥事。
他在廣東招安了大盜李茂、許俊美等，并由他們擒拿倭寇七十餘人，因功受賞，不久調至福建。
神宗即位，高拱罷職，張居正任首輔，計劃驅逐高拱的黨羽，因而再度考核京官。
王篆為考功，誣陷孚遠與高拱同黨，貶為兩淮鹽運司判官。
後曆任兵部郎中、建昌知府。
在建昌，閑暇時，招集諸生講學，與貢士鄧元錫、劉元卿為友。
不久，由于給事中鄒元标的舉薦，提升為陝西提學副使，對貢士王之士以最恭敬禮節接待，并緻書當政者，薦舉之士、元卿、元錫。
後來，這三人為朝廷征用，是由于孚遠的舉薦。
孚遠調任應天府丞，因李材的訴冤案而獲罪，降官階二級，由廣東佥事再調任右通政。
萬曆二十年(1592)，升右佥都禦史，巡撫福建。
日本軍隊攻陷朝鮮，朝廷商議對日封貢事，孚遠奏請谕令日本國王擒斬平秀吉，這個意見未被采納。
呂宋國酋長之子指控中國商人殺其父親，孚遠報告了朝廷，皇帝诏令斬殺兇手，厚賞來使。
福州發生饑荒，百姓劫掠官