國政，起任素仍為翰林學士承旨。
素剛到京，明軍就進入燕京，素跑到報恩寺投井自盡，被該寺僧人大梓救起，勸他說：“國史非公莫知，公死，是國史之死。
”素才息自盡的念頭。
明軍迫近史庫，素去求援鎮撫吳勉等救出，從而使《元實錄》未受損失。
洪武二年(1369)，授翰林侍講學士，他多次探求元興亡的原因，且奉诏撰《皇陵碑》，都令太祖滿意。
不久，因沒有上朝而被劾罷官。
一年後又複職，兼弘文館學士。
皇帝賜他小車，準免朝拜。
太祖賜宴諸學士，多次遣宦官勸酒，并親賦詩一首以顯示對臣子們的恩寵，并命各學士也賦詩進呈。
素的詩最後寫成，太祖看後連聲稱好，說：“素老成，有先天下憂而憂之意。
”這年素已年高七十。
禦史王著等認為素本是亡國之臣，不宜列入侍從。
于是将他谪居和州，守餘阙廟。
一年後去世。
早在至元年間，西域僧人嗣古妙高要毀掉宋朝皇帝在會稽的諸陵墓。
夏人楊辇真珈為江南總攝，把宋徽宗以後的皇陵掘出，以攫取金寶，将帝後的遺骨收集起來葬于杭州故宮，上築一塔，名曰：“鎮南塔”，以表示鎮服。
還把宋理宗的頭骨用作飲器。
真伽倒台後，其财産都被沒收歸官，頭骨也送入宣政院，賜給所謂“帝師”。
素在翰林院受皇帝召見時，詳細講述了事情的原尾。
太祖歎息不已。
命北平守将從西域僧人那裡購得頭骨，诏令官府暫時安葬于高坐寺西北。
第二年，紹興進獻永穆陵圖，将理宗頭骨葬于宋朝陵園。
這件事實際上是危素提議的。