辭職，于是升焦芳為吏部尚書。
韓文将要率九卿彈劾劉瑾，奏疏應當首列吏部之名，便将此事告訴焦芳。
焦芳偷偷地把這一計劃洩漏給了劉瑾，劉瑾于是驅逐了韓文以及劉健、謝遷等人。
而焦芳得以本官兼任文淵閣大學士，入閣輔政，累升少師、華蓋殿大學士。
他在内閣多年，劉瑾攪亂天下，變更成法，荼毒缙紳之士，都是他所引導。
他每次拜訪劉瑾，言必稱千歲，而自稱為門下。
批閱奏章，全都迎合劉瑾的心意。
四方來賄賂劉瑾的，都先賄賂焦芳。
他的兒子黃中，也傲慢兇狠，不學無術，但廷試時卻一定要得第一名。
李東陽、王鏊将他列在二甲第一名，焦芳很不高興。
他告訴了劉瑾，徑自給兒子授為翰林檢讨，不久進升編修。
焦芳因黃中的緣故，時時罵李東陽。
劉瑾聽到後說：“黃中昨天在我家試做石榴詩，很拙劣，你還能恨李東陽嗎？”
劉瑾恨翰林官對他太傲慢，想把他們全部趕出去，被張彩勸阻。
到《孝宗實錄》修成時，劉瑾又重提先前的打算，張彩又極力勸阻。
而焦芳父子和檢讨段炅等人，教劉瑾以擴充政事為名，将編修顧清等二十餘人全部趕到了各部衙門。
有關官員響應诏令薦舉才德兼備之士，将餘姚人周禮、徐子元、許龍和上虞人徐文彪四人推薦了上去。
劉瑾以周禮等人都是謝遷的同鄉，而诏令又是劉健所起草，因而将這四人投進诏獄，還想将劉健、謝遷一并逮捕。
李東陽極力調解。
焦芳厲聲說道“：縱然赦免他們的罪行，難道不應該将他們除名嗎？”于是将劉健、謝遷廢為平民，而張榜驅逐擔任京官的餘姚人。
滿剌加的使臣亞劉，本是江西萬安人，名叫蕭明舉，因犯罪叛逃到滿剌加，與其國人端亞智來朝見。
後來他又圖謀進入氵孛泥國索寶，并殺死了亞智等人。
事情報到朝廷後，正要讓所在官員調查上報，焦芳卻在後面補充寫道：江西的土俗，人民多散漫不認真，像彭華、尹直、徐瓊、李孜省、黃景等人，多被人們所議論。
應當裁減江西鄉試名額五十名，初做官的人也不要選為京職，并将這一條頒布為法令。
”他還說