馬士英，貴陽人。
萬曆四十四年(1616)，他與懷甯人阮大铖一同考中會試。
又過了三年，士英成為進士，被授予南京戶部主事。
天啟時期，他升為郎中，曆任嚴州、河南、大同三府知府。
崇祯三年(1630)，升任山西陽和道副使。
五年，升為右佥都禦史，巡撫宣府。
他到任才一個月，便傳檄調取公家數千兩黃金，賄賂朝中顯貴，被鎮守太監王坤所揭發，被判遣戍。
不久他流寓南京，當時阮大铖名入逆案中，早被撤職，因避流賊也到了南京，兩人相交甚歡。
阮大铖機敏狡猾，有才氣。
天啟初年，他由行人升為給事中，因親喪回家。
同鄉的左光鬥任禦史，有名聲，阮大铖很倚重他。
四年(1624)春，吏科給事中出缺，阮大铖依次應當升任，左光鬥引薦他。
而趙南星、高攀龍、楊漣等人因為吏科監察重要部門，阮大铖輕浮不可用，想用魏大中。
阮大铖到後，被補任工科給事中。
阮大铖心中怨恨，暗中勾結宦官壓下推舉魏大中的奏疏。
吏部不得已，便換上阮大铖的名字，即得到批準。
阮大铖從此依附于魏忠賢，與霍維華、楊維垣、倪文煥結為死友，制作《百官圖》，通過倪文煥送達魏忠賢手中。
但他害怕東林黨攻擊自己，不到一個月就趕緊請求回家。
而魏大中掌管吏科，阮大铖非常憤恨，私下對所親善的人說：“我還得以善歸，不知道左氏将怎麼樣。
”後來楊漣、左光鬥等人死于獄中，阮大铖對客人得意地自我誇耀。
不久他被召任太常寺少卿。
他到京都後，侍奉魏忠賢極為恭謹，但暗中擔心他不足以依靠，每次去拜見，總是厚賄魏忠賢的守門人，交還他的名片。
幾個月之後，他又請求回家。
魏忠賢被誅後，阮大铖裝上兩封奏疏馳送給楊維垣看，其中一篇專門彈劾崔呈秀和魏忠賢；另一篇将前後七年的事合起來算，他說從天啟四年(1624)以後，亂政的是魏忠賢，而呈秀是助手，四年以前，亂政的是王安，而東林黨是羽翼。
他告訴楊維垣，如果時局大變，就将彈劾崔、魏的奏疏上呈，如果局勢未定，則将合算疏上呈。
正值楊維垣正一并指責東林、崔、魏為邪黨，與編修倪元璐相互诋毀，得到阮大铖的奏疏後，非常高興，為他投上合算疏，以幫助他自己。
崇祯元年(1628)，起用他為光祿寺卿。
禦史毛羽健彈劾他袒護邪黨，他被罷免而去。
第二年定逆案，阮大铖被判徒刑，準自贖為民。
終莊烈帝一世，他被廢斥十七年，郁郁不得志。
流寇逼近安徽，阮大铖避居南京，頗招納遊俠來談兵說劍，希望以邊将之才被召用。
無錫顧杲、吳縣楊廷樞、蕪湖沈士柱、餘姚黃宗羲、鄞縣萬泰等人，都是複社中的名士，他們正聚集在南京講學，非常厭惡阮大铖，做《留都防亂揭》來驅逐他。
阮大铖害怕了，便閉門謝客，隻與士英深相勾結。
周延儒被召入閣，阮大铖載上金錢去賄求維揚，企圖洗清前罪。
周延儒說：“我此行，誤為東林黨所推。
你的名字在逆案中，能行嗎？”阮大铖沉吟良久，說：“瑤草怎麼樣？”瑤草，是馬士英的别字。
周延儒答應了。
十五年(1642)六月，鳳陽總督高鬥光因失陷五城被逮捕治罪。
禮部侍郎王錫兖推薦士英有才，周延儒從中做主，于是起用士英為兵部右侍郎兼右佥都禦