死了巡撫、道官、府官、總兵等官員二十多人，占領了重慶。
他們還分兵攻打合江、納溪，攻破泸州，攻陷遵義，興文的知縣張振德戰死。
興文，是以前九絲蠻的地方。
他們又進軍包圍成都，号稱自己的政權為大梁。
布政使朱燮元、周著，按察使林宰等在成都城内分門固守。
石石主土司的女土官秦良玉派其弟秦民屏、侄子秦翼明等發兵四千，日夜兼程，悄悄地渡過重慶，在南坪關紮營。
秦良玉自己統率精兵六千沿江而上直奔成都。
其他的援兵也漸漸集結起來。
此時奢寅攻城很急，暗地裡接納劉勳等人做内應。
事情被發覺後，劉勳等人被誅殺。
奢寅等又造雲梯和旱船，晝夜攻城。
城中也以炮石還擊他們。
雙方相持一百天，碰到賊軍将領羅乾象派人向官軍投誠，表示願意殺死賊人為自己贖罪。
這天晚上，羅乾象縱火焚燒軍營，賊兵大亂，奢崇明父子倉惶出逃，丢棄的錢帛谷米堆得像山一樣，窮苦的百姓靠此得以活命。
羅乾象便率其同黨胡汝高等人前來投降。
此時朝廷已授予朱燮元巡撫職務，他率四川的士兵追擊奢崇明，江安、新都、遵義等郡邑都收複過來了。
這時是天啟二年(1622)三月。
樊龍将餘部數萬人收集起來，占據了重慶的天險和要塞。
朱燮元督促秦良玉等人奪取二郎關，總兵杜文煥攻破了佛圖關，諸将領将軍隊圍着重慶駐紮下來。
奢寅派賊人同黨周鼎等分道來救援，周鼎被官軍打敗後逃走，結果被合江的百姓綁縛起來。
官軍與平茶、酉陽、石石主三個土司的土兵合圍重慶，重慶城中缺糧。
朱燮元便設計活捉了樊龍，将他殺了；張彤也被亂軍所殺；生擒了樊龍的兒子樊友邦及其同黨張國用、石永高等三十多人，收複了重慶。
此時安邦彥在貴州造反，奢崇明與他遙相聲援。
三年(1623)，四川的官軍收複遵義，進攻永甯，在土地坎與奢寅相遇，雙方率兵進行搏戰。
官軍奮勇出擊，叛軍被打敗，奢寅受傷後逃走，樊虎也戰死了。
官軍進軍攻克永甯城，降服了二萬賊人。
官軍又進軍攻拔了紅崖、天台各囤寨，投降的人每天都有。
奢崇明的勢力越來越小，便向水西求救，安邦彥派十六個營的軍隊過河前來支援他。
羅乾象攻破了蔺州，焚燒了九鳳樓，他的老巢覆滅了。
奢崇明踉踉跄跄地逃走了，投奔到水西。
安邦彥與奢崇明合兵一處後，分别侵犯遵義和永甯。
四川的官軍在芝麻塘将他們打敗，他們便逃進了青山。
各位将領逼近渭河，在龍場與奢崇明激戰，俘獲了奢崇明的妻子安氏和奢崇輝等人，斬殺的人數以萬計。
蔺州平定了，總督朱燮元向朝廷請求以赤水河為界，河東的龍場隸屬于貴州，河西的赤水、永甯隸屬于四川。
在永甯設置了道和府，與遵義、建武聲勢相聯。
不久，貴州巡撫王三善遭安邦彥的襲擊而死，奢崇明的勢力又有擴張，過了春天将大舉進攻永甯。
此時正好奢寅被其部下所殺，朱燮元亦因父親亡故離開軍隊去奔喪了，奢崇明、安邦彥得以苟延殘喘。
奢崇明自稱為大梁王，安邦彥号稱自己為四裔大長老，其下稱元帥者不可勝數。
他們合兵十多萬人，規劃先進犯赤水。
崇祯初年，朝廷起用朱燮元來總督貴州、湖廣、雲南、四川、廣西等地的事務，會師讨伐。
朱燮元定下計謀誘使賊人向永甯深入，然後在五峰山的桃經壩邀擊他們，再命令總兵侯良柱率軍大敗他們，奢崇明、安邦彥都被俘斬首。
這一仗，掃蕩了四川、貴州幾十年來都沒有去除的大惡賊，這是朱燮元的功勞。