廷美草拟朝辭笏記，被言官彈劾，被貶授司封員外郎。
太平興國八年春天，與宋白等人同知貢舉，他在崇政殿陪侍皇上親自考試進士，皇帝憐憫他形容憔悴，當天就授任他為中書舍人、史館修撰、判館事。
五月，任命為翰林學士。
六月，任知開封府，判案精敏，奸滑之人無所逃脫，從此豪族收斂惡迹，權貴不敢以私幹預政事，皇上越發知道他的才幹。
十一月，提升為左谏議大夫、參知政事。
一月後，遭母喪，不久，守喪未滿三年，朝廷重新起用他任本官。
李穆三次上表請求守喪滿制，诏令強行起複，李穆越是哀傷盡禮節。
太平興國九年正月，早晨起床準備上朝，因風眩突然去世，終年五十七歲。
李穆從貶任員外郎，複任中書舍人，進入翰林院，任參知政事，以至到死，不滿一年。
太宗聽說他的死訊，哭着對親近的大臣說：“李穆是國家的良臣，我正要倚用他，卻突然去世，這不是他個人的不幸，乃是我的不幸啊。
”追贈工部尚書。
李穆為人至孝，他的母親曾經有病卧床，每次動止轉側，都親自扶掖，于是稱合母親的心意。
當初，李穆因秦王事被交給官吏審問，他的兒子惟簡騙祖母說是李穆奉诏在台省審訊案件。
被貶任省郎後，回家，也不告訴母親。
每隔一天，假裝入宮承直，去訪親拜友，或者遊曆僧寺。
免職歸家，直到複官，他的母親始終不知道。
居母喪期間，因思念母親竟至滅性。
李穆擅長篆隸書，又工于繪畫，常隐瞞這些。
為人厚道樸質忠于職守，行動言語都很謹慎，所作所為出于真心，沒有矯飾。
深信佛教經典，善于談論名理，喜歡接引後進，常常向朝廷推薦。
尤其寬厚，家人從未看見過他的喜怒。
所寫文章，随即毀掉，大多不留稿。
他的兒子惟簡，因為父親的官爵任将作監丞，多才多藝，性情沖和淡泊，不追求仕進。
離職居家二十多年，人們都稱贊他。
真宗一向聽說他有節操，景德三年，诏令授任惟簡的兒子郯為将作監主簿。
大中祥符七年(1014)冬天，召惟簡入宮談話，特地授任為太子中允退休，後來加官太常丞。
天禧四年(1020)，去世，賜給他家錢十萬，仍給郯每月俸祿讓他守喪終制，郯後來任太子中舍。