的身份充任樞密使，不久拜授同中書門下平章事、集賢殿大學士，仍然兼任樞密使。
居官二個月，又拜授昭文館大學士、監修國史。
元昊歸還石元孫，議論賜死，昌朝獨自一人說“：自古以來将帥被捉，返歸的人多沒有死。
”石元孫由于這樣得免一死。
诏令官員讨論升附祭奉慈廟三個太後，官員議論不一緻。
昌朝說“：章獻太後母儀天下，章懿太後生養聖體，應像祥符年中升附祭元德皇後的舊例。
章惠太後于陛下有慈保之恩，應另外享祭奉慈廟如故。
”于是尊奉二後神位，升附祭真宗廟。
密诏升中外官員一等，優厚賜與各軍，昌朝與同僚極力疏陳，才停止。
又诏令升中書、樞密二府官，更加堅決辭謝。
元昊既投誠歸附，昌朝請求宰相罷免兼任的樞密使。
慶曆六年(1406)，發生日食。
仁宗對昌朝等人說：“譴責見于上天，希望歸罪朕自己。
你應推求百姓疾苦，思考用來有利安定百姓的辦法。
”昌朝回答說：“陛下這話，足以消除天變，我怎敢不日夜孜孜以事奉陛下。
”仁宗又說“：人主畏天而修德，就像人臣害怕法令而自己改正錯誤。
”昌朝因而下跪拜謝。
第二年春天，旱災，仁宗回避治事的地方，減少膳食。
昌朝援引漢代發生災異時冊封罷免三公的成例，上表奏請求免職。
參知政事幾次與昌朝在皇帝面前争議，論者多認為昌朝不公正。
有人叫向绶為永靜軍知軍，懷疑通判說自己的壞話，以事情誣陷通判，強迫命令其自殺。
高若讷知審刑院，附和昌朝意見，打算從輕處理。
吳育力争，向绶最終減死一等。
不久，高若讷為禦史中丞，說大臣在朝堂争辯不嚴肅，所以下雨不及時，于是罷免吳育，而任命昌朝為武勝軍節度使、檢校太傅、同中書門下平章事、判大名府兼北京留守司、河北安撫使。
仁宗賜給他銀飾轎子。
不久以讨伐貝州賊人有功，移任山南東道節度使。
楊偕說賊人發于昌朝部下中，不應獎賞。
朝廷沒有采納楊偕的意見。
契丹聚集勇敢高大的逃兵，号稱“投來南軍”。
按照邊法，士兵逃亡自己返歸者死。
昌朝廢除這一法令，返歸的就升任補官，于是歸來的逐漸多起來，因而查訪知道契丹的情況。
契丹于是拒絕逃兵，黜退南軍不用。
邊人把地向外抵押，契丹因此逐漸侵占邊界。
昌朝為之建立法令，抵押土地而地主不按時贖回，人們可以贖而且占有它，一年多時間，土地全部恢複。
三司使葉清臣移用河北庫錢，昌朝糾正诏書不批準，葉清臣論列不停，于是出葉清臣到河陽，流放昌朝判鄭州。
過阙入觐皇帝，留用為祥源觀使。
拜授尚書右仆射、觀文殿大學士、判尚書都省，朝會時班次中書門下，視其儀物。
這年中昌朝請求外任，又被任命為山南東道節度使、右仆射、檢校太師兼侍中、判鄭州。
堅決辭謝仆射、侍中，改同中書門下平章事