罷黜林濰，才停止讨論此事。
夔州轉運使奏請增加鹽井的年稅十餘萬缗，王堯臣認為皇恩未曾照顧到邊遠地區的人，反而又要向他們牟取厚利，正好會招緻怨恨，朝廷因此取消這一建議。
王堯臣遷翰林學士承旨兼端明殿學士，任群牧使。
遇上母親去世停職，服喪完畢，升任右谏議大夫。
當初，學士蘇易簡、丁度都是從郎中進升中書舍人充當承旨，到王堯臣做承旨，沒有升官職，可能是被宰相賈昌朝壓制。
到這時，文彥博做宰相，因王堯臣任期已滿，便優先升職。
朝廷在明堂中大擺宴席慶祝，升他做給事中。
王堯臣與三司互相讨論茶法，統計全國每年的财稅收入與支出，上報數字，因此升任樞密副使。
遇上侬智高反叛，王堯臣奏請将廣西宜、容、邕三州分為三路，以融、柳、象三州隸屬宜州路，白、高、寶、雷、化、郁林、儀、藤、梧、龔、瓊等州隸屬容州路；以欽、賓、廉、橫、浔、貴等州隸屬邕州路；遇到蠻族入侵，由三路會同所屬各州郡軍隊配合快速打擊，再命經略、安撫使駐守桂林統一指揮；再加上招募純樸、有氣量、忠心勇敢的當地土軍分别屯守，從全、永、道三州運送糧米作為他們的軍饷，撤掉遠下南方守戍的北方士兵。
當時狄青正任嶺南經制使，朝廷令他審議王堯臣的提議，狄青認為很好。
在樞密院任職三年，王堯臣盡力裁撤抑制徼亻幸小人，于是有人刻了一匿名信散布京城，但仁宗不認為他有可疑的地方。
後以戶部侍郎升任參知政事。
時間久了，皇帝要用他做樞密使，而當制學士胡宿卻堅決地抑制他，于是進升為吏部侍郎。
去世後，被追贈為尚書左仆射，谥“文安”。
王堯臣因文學進升，負責内外制度十多年，他的文辭溫潤華麗。
執政時，曾與宰相文彥博、富弼、劉沆一起勸皇帝早立繼承人，并說英宗曾被收養在宮中，适宜做繼承人，曾草拟诏書挾帶着進呈仁宗，但沒有成功。
元豐三年(1080)，他的兒子王同老進呈他的遺稿，為父親論功，皇帝訪問文彥博，文彥博因此将事情經過詳細上奏，皇帝因此給王堯臣加贈太師、中書令，又改谥号為“文忠”。