，神宗為此将王陶貶職。
永厚陵複土，韓琦不再入中書任職，堅決辭去官位。
授職鎮安武勝軍節度使、司徒兼侍中、判相州。
入朝言對，神宗流着淚說：“侍中一定要辭去，今天已經降制了。
”賜予興道坊住宅一區，提拔他的兒子韓忠彥為秘閣校理。
韓琦辭去兩鎮之職，就隻兼任淮南之職。
正遇種谔擅自攻取綏州，西部邊境開始騷擾，改任永興軍判官，經略陝西。
韓琦說“：邊境守臣随意妄為，抛棄盟約埋下動亂的禍根，希望召集二府立即決斷此事。
”韓琦入朝辭謝，曾公亮等正上奏言事，希望與韓琦一起言事。
神宗召見他們，韓琦說：“臣下從前是朝中官員，應當與他們共同議事。
如今，是守衛之臣，不敢再參預聞聽。
”又說：“王陶指責臣下跋扈，如今陛下将陝西用兵之權授予臣下，又有像王陶一樣彈劾臣下的人，這樣臣下将會成為滅族之人。
”神宗說：“侍中還不明白我的意圖嗎？”韓琦起初說綏州不應當攻取，不久夏人誘殺楊定，韓琦又說：“敵人既然如此，綏州如今不能放棄。
”樞密院用韓琦開始的言論責難他，韓琦具體地叙述了其中的理由，最後終于保住了綏州。
熙甯元年(1068)七月，再次請求從相州告歸。
河北地震，黃河決口，調任大名府，充任安撫使，允許自己決斷事情。
王安石任宰相時，派遣常平使散發青苗錢，韓琦極力上言此事。
神宗拿出他的上疏給宰相大臣們看，說：“韓琦是真正的忠臣，雖然人在朝外，仍不忘記朝廷之事。
朕起初認為對老百姓有利，沒想到會這樣禍害老百姓。
況且坊郭怎能實行青苗，卻也強行實施這一辦法呢？”王安石氣憤地上奏說“：如果是順從他們的願望，即使是坊郭又有什麼害處。
”第二天，聲稱有病不上朝。
在這時，新法幾乎廢除，王安石又出任宰相，更加堅決地堅持自己的意見。
韓琦又懇切地上奏，王安石将其上疏交給條例司，讓其他官員上疏進行駁斥，刊石頒行天下。
韓琦更加懇切地申辯，最後仍不依從。
這樣韓琦請求解除四路安撫使，隻兼管一路，王安石想阻止韓琦，立即允許了他的要求。
熙甯六年(1073)，回到京師任相州知州。
契丹派遣使者要索求代北之地，神宗親自書寫诏書詢問韓琦，韓琦上奏說：
“臣下觀察近年以來，朝廷考慮事情，好像不以大敵為憂慮。
契丹見此情形一定産生懷疑，一定會認為我們有圖謀收複燕南的意圖，因此引用先發制人的辦法，來制造禍端。
導緻契丹懷疑的理由，大緻有七個方面：高麗臣屬北方，斷絕朝貢很長時間，現在以商船引誘而使之前來，契丹知道此事後，一定認為将要圖謀他們。
這是第一個方面。
強行奪取吐蕃的土地來建置熙河，契丹聽說後，一定認為不久就要侵占他們的土地。
這是第二個方面。
在西山廣泛種植榆柳，希望讓這些榆柳成長起來，用來抵制敵人的騎兵行動。
這是第三個方面。
建立保甲制，這是第四方面。
各州縣修築城池，這是第五方面。
設置都作院，頒布弓刀新樣式，大造戰車，這是第六方面。
在河北設置三十七将，這是第七方面。
契丹一直是我們的敵對國家，由于這些事情而産生懷疑，不得不這樣。
“臣下以前論說青苗錢事，谏官大肆誣蔑，如果不是陛下英明，幾乎被砍頭。
從此以後，聽說新法一天天頒行，不敢再論說。
如今被陛下親自召見詢問，事情關系到國家的安危，論及此事而有所隐瞞，死有餘辜。
臣下曾經私自考慮，開始替陛下謀劃時，必須說治國的根本，這個根本一定要首先積聚财富和谷物，在老百姓中招募士兵，這樣就可以打擊四方邊境的少數民族。
因此發散青苗錢，損失老百姓的利益，實行免役法，按照戶等收取現錢；到設置市易務，小商小民，手足無措。
新制每天都在頒行，不斷更改沒有常制，官吏茫然不知，不能詳細記