曾肇，字子開，考取進士後，調任黃岩縣主簿，被推薦任鄭州教授，升任崇文校書、館閣校勘兼國子監直講、同知太常禮院。
太常禮院從秦朝以來，有關文獻殘缺不全，先輩儒生各人都憑想象，無法核實。
曾肇在職期間，糾正了前輩的不少錯誤。
親自祭祀土地神于北郊，大概是從曾肇開始的，其他不同看法都不能改變曾肇對禮的解說。
其兄長曾布因為議論商業制度被責罰，曾肇所任的主判官也被撤銷。
呆在館中的諸人中，不少人專門揣摩皇上的心思，陰謀踩着别人來爬上去，大家都感到處境危險，曾肇卻安然地面對這一切。
曾公亮死，曾肇為他寫行狀，神宗讀後很欣賞。
遷他任國史編修官，升吏部郎中，遷右司，擔任《神宗實錄》一書的檢讨。
元..初年(1086)，升任起居舍人。
不久，擔任中書舍人。
曾肇認為葉康直任秦州知州時處事不當并批評他，執政官驚奇曾肇居然不先上告，禦史趁機攻擊他。
曾肇提出辭職，範純仁對大臣們說：“如果好人得不到寬容的環境，像我們這類人就不能在這兒呆了。
”極力替曾肇辯護，曾肇才沒有受到處罰。
門下侍郎韓維彈劾範百祿，太皇太後認為韓在誣陷範，讓韓出任鄧州知州。
曾肇說“：韓維替朝廷辨别好人、壞人，評價人與事的是非得失，不能憑主觀想象認為他錯了就趕走他。
”拒絕替皇帝起草命令。
谏議大夫王賣見因為批評了胡宗愈，皇上想調他去潤州，曾肇說“：皇上把大臣當做心腹，把台谏官當做耳目，兩者相輔相成，不可偏廢一個。
目前王賣見批評執政官就被放逐，這就是憐愛心腹而堵塞耳目了。
”哲宗醒悟過來，就加任王賣見為直龍圖閣。
太皇受冊命，诏令按照仁宗時章獻皇後的樣子，讓太皇在文德殿辦公。
曾肇說“：天聖初年(1023)，機要大臣們決定讓皇太後去崇政殿受冊封，仁宗特地改為讓太後在文德殿受冊封，這是臨時措施，不足為訓。
目前皇上您要照仁宗的樣子做，以充分表達您盡力盡孝的誠意，可說已無以複加了。
我私下以為，太皇應該在此時特地下诏向天下人宣傳皇上您的孝心，然後表達他的謙遜美德，按照仁宗天聖時期大臣們的意見，隻在崇政殿受冊封。
那樣，您的孝心更明白，太皇的德行更高貴了。
”坤成節時祝太皇壽，皇上想讓百官列隊于崇政殿。