遊意翰墨，作為聖學的幫助。
元..三年四月，懇請辭去職位，被授予司空、同平章軍國事。
宋朝建立以來，宰相以三公平章重事者四人，而呂公著與他的父親居其二，士人羨慕呂氏的榮耀。
诏令在東府南面建造府第，打開北門，以方便執政大臣聚會議事。
凡是三省、樞密院的職責，都得總理。
每隔一天一朝會，因到都堂，呂公著出不以時，這是特殊的恩典。
第二年二月呂公著去世，終年七十二歲。
太皇太後接見輔佐大臣哭泣說：“國家不幸，司馬相公已死，呂司空又逝世。
”痛惜憐憫了很長時間。
神宗也悲痛感傷，就到呂家臨幸祭奠，賜給金子布帛萬計。
贈太師、申國公，谥号為“正獻”，親自書寫墓碑頭曰《純誠厚德》。
呂公著從年青時講學，就以治心養性為本，平日居處時無疾言厲色，對于歌舞錢财榮耀，淡泊無所喜好。
暑熱不揮扇，寒冷不烤火，簡重清靜，大概是天生禀性使然。
他的識見深切敏銳，氣量寬宏而且學問精粹，遇事善于決斷，如果對國家有利，不因私下的利害動搖其心。
與人交往，出于至誠，好德樂善，見士大夫以人才為意的，必問其所知道的與所聽到的，參互考語查實，以達聞于皇帝。
每每議論政事，總是博取衆人之長以為善，他自己認為應當信守的，則堅決按自己的意志辦，從不改變自己的信念。
神宗曾經說他是真正的名副其實的人才。
尤其能做到避遠聲迹，不以知人自處。
起初，呂公著與王安石很好，王安石待之如兄長，王安石能言善辯，沒有人與之抗衡，唯獨呂公著能以精辟的見識和簡潔的言語制服他。
王安石曾說“：疵吝每不自勝，一到長者面前，即廢然而反，這就是說使人打消自己的念頭，這一點在呂公著那兒體現得最充分。
”又曾對人說“：呂公著為相，吾輩可以談論做官了。
”後來王安石得志，受到重用，以為呂公著必定會幫助自己，但呂公著卻數次公開上言，陳述他的過失，因此二人交情不終。
呂公著尤其擅長演講，語言精約而道理盡明。
司馬光說“：每次聽呂公著演講，就覺得自己的語言太煩雜。
”呂公著就是這樣受到當時名流的敬重。
紹聖元年(1094)，章..為相，任命翟思、張商英、周秩任言官，議論呂公著更變熙豐法度，削除他的贈谥，毀壞皇帝所賜碑，再貶谪為建武軍節度副使、昌化軍司戶參軍。
徽宗即位，追複為太子太保。
蔡京擅政，又降為左光祿大夫，載入元..黨人籍，不久恢複為銀青光祿大夫。
紹興初年，贈谥全部封還。
呂公著的兒子呂希哲、呂希純。