臣說，應當以呂公著、司馬光為師傅。
哲宗即皇帝位，呂公著以侍讀的身份返回朝廷。
太皇太後派使臣迎接，詢問他所想要說的，呂公著說：“先帝本意，以寬省民力為先務。
但建議的人以變法侵奪百姓為務，與自己意見不同的統統斥去，因此日久而弊端更深，新法頒行而百姓更加困苦。
誠然能得公允正直之士，講求天下利弊，同心協力而為之，應該不難。
”到達朝廷就上言說“：人君才即位，應該正始以示天下，修德以安百姓。
修德的要旨，莫先于學習。
學有積漸至于光明，則天天更新以至于至治，這是學習的效力。
謹冒死陳述十事，曰畏天、愛民、修身、講學、任賢、納谏、薄斂、省刑、去奢、無逸。
”又請求備置谏員，以開言路。
被授予尚書左丞、門下侍郎。
元..元年(1086)，呂公著被授予尚書右仆射兼中書侍郎。
中書、門下、尚書三省一同建置，中書獨為取旨之地。
呂公著就請求事于三省者，與執政大臣共同進呈，取旨而各自實行。
又執政官員通常幾天在政事堂一聚，事情多由其長官決定，同事不得幹預。
至此，才命每天集聚，于是成為定制。
呂公著與司馬光同心輔政，推本先帝之志，凡是打算變革卻沒來得及予以變革以及已經變革而未形成定例的，一一全部實行。
百姓歡呼鼓舞，都以之為便。
司馬光去世，呂公著獨自當權，所任命的官吏都是當時的佼佼者。
當時科舉廢除詞賦，專用王安石的經義，而且雜以佛教的學說。
凡士子從一句話以上，非新義不能用，學習的人以至于不誦讀正經，隻竊取王安石之書以營謀官職地位，精熟的人轉上第，因此科舉越來越壞。
呂公著開始命令主管科舉的部門不得以老、莊書中出題，應試科舉的士人不得以申、韓、佛書為學，經義參用古今各家儒說，不得專取王氏。
恢複賢良方正科。
右司谏賈易因言事攻擊别人短處直接诋毀朝廷大臣，将要被嚴厲責罰，呂公著替他說話，隻罷知懷州。
呂公著退朝對同事說：“谏官所議論，得失不足言。
看主上正值壯年，擔心今後有人進谀說惑亂，正是依賴左右诤臣，不可以使人主輕厭言事之人。
”衆人沒有不歎服的。
吐蕃首領鬼章青宜結很久以來成為洮、河一帶的禍患，聽說朝廷息兵省戍，暗地與西夏人合謀再取熙、岷州。
呂公著報告派遣軍器丞遊師雄以方便谕求衆将，不過一個月，活捉鬼章青宜結緻于朝宮下。
神宗在資善堂宴請親近大臣，拿出所書寫的唐人詩分賜給衆人。
呂公著就聚集所講書中要語明白、切合于治道的，共一百篇進獻，以備神宗