仲而稱霸，燕哙專用子之而失敗，事情相同而結果不同”作為問題，王安石更加惱怒，讓禦史謝景溫彈劾蘇轼的過失，但一再追究一無所得，蘇轼于是請求出任地方官，任杭州通判。
高麗來朝進貢，使者贈送禮物給官吏們，書寫時用幹支紀年。
蘇轼拒絕接受禮物說“：高麗對本朝稱臣，但不接受本朝頒布的年号曆法，我怎麼敢接受他們的禮物！”使者改寫為熙甯年号，然後蘇轼才接受了禮物。
當時新政天天下達，蘇轼在這中間，每每借行新法之際方便百姓，百姓賴之以得到安定。
調任密州知州。
司農寺推行手實法，不按時實行的官吏以違反法令論處。
蘇轼對提舉官說“：違反法令的罪名，如果出自朝廷，誰敢不遵從？現在出于司農寺，這是擅自制造法律。
”提舉官驚慌地說“：您暫且慢慢施行。
”不久朝廷知道手實法危害百姓，廢除了它。
有盜賊案發生，安撫司派三班使臣率領強悍兵士前來搜捕，兵士兇暴放縱行事，甚至用藏有違禁物品來誣陷百姓，進入百姓家中争鬥殺人，又畏罪驚慌潰散，将要作亂。
百姓急忙跑去告訴蘇轼，蘇轼扔掉百姓的投訴書不看，說：“一定不會到這樣的地步。
”潰散的兵士聽說此事後，稍稍安定，蘇轼慢慢派人查出肇事的兵士殺了。
調任徐州知州。
黃河在曹村決口，使梁山泊泛濫，南清河水溢出故道，洪水彙聚在徐州城下，暴漲的洪水不時洩出，城牆即将被洪水沖毀，富有的百姓争相出城躲避洪水，蘇轼說：“富民出城，全城百姓都會動搖，我和誰來守城？我在這裡，洪水決不能沖毀城牆。
”驅使富民重新回到城裡。
蘇轼到武衛營，呼喊士兵長官說“：河水即将沖毀城牆，事情危急，雖然你們是禁軍，但也請你們為我盡一點力。
”士兵長官說“：太守尚且不躲避路上的洪水，我輩小人，應當效命。
”帶領他的士兵們拿着畚箕鐵鍬出來，修築東南長堤，頭起戲馬台，尾連着城牆。
雨日夜不停地下，城牆露出水面僅僅隻有三版那麼高。
蘇轼搭建小草屋住在城牆上，路過自己家門也不進去，派官吏分别堵塞缺口以守護城牆，終于保全了徐州城。
又請求征調明年夫役增築徐州舊城，修建木質護岸，以防洪水再來。
朝廷同意了他的請求。
調任湖州知州，蘇轼上表感謝。
又因為一些事不方便百姓但又不敢說，他寫詩寄托諷喻，希望對國家有所補益。
禦史李定、舒..、何正臣摘錄蘇轼謝表上的話，并且誣陷蘇轼所寫的詩是毀謗朝廷，逮捕蘇轼押送京城投入禦史台監獄，想置他于死地，羅織罪名很長時間卻一直不能決斷。
惟獨神宗憐惜蘇轼，用黃州團練副使安置了他。
蘇轼和鄉裡父老結伴于山水之間，他在東坡修築房屋，自号“東坡居士”。
元豐三年(1080)，神宗幾度有意再次起用蘇轼，但被當政的大臣阻止了。
神宗曾對宰相王王圭、蔡确說：“國史至關重要，可以命蘇轼撰成國史。
”王王圭面有難色。
神宗說：“蘇轼不可用，姑且用曾鞏。
”曾鞏進上《太祖總論》，神宗意思不滿意，于是親自寫信把蘇轼調到汝州，其中這樣說“：蘇轼貶谪居住期間反思自己的錯誤，經過一年更加深刻，人材确實難得，不忍心一直棄而不用。
”蘇轼還沒有到達汝州時，上書說自己饑寒貧窮，在常州有田地，希望能到常州居住。
早晨上奏，傍晚皇帝就答複同意了。
路過金陵，見到王安石，蘇轼說“：興大兵起大獄，是漢、唐滅亡的征兆。
祖宗以仁厚治理天下，正是想革除它。
現在西方打仗，連年不得解除，東南幾次興起大獄，您獨不能說句話來制止它嗎？”王安石說：“這兩件事都是呂惠卿挑起的，我在朝廷外面，怎麼敢說話？”蘇轼說：“在朝廷就說，在朝廷外就不說，這是侍奉皇帝的常禮。
皇帝對待您的不是常禮，您對待皇上，怎麼可以用常禮呢？”王安石大聲說：“我王安石要說話的。
”又說“：話出自我王安石之口，進入你蘇子瞻的耳朵。
”又說“：一個人要知道做一件不義的事，殺一個無辜的人，雖能得到天下也不去做，這才可以。
”蘇轼開玩笑說：“現在的君子，争着要減半年磨勘，雖去殺人也會幹的。
”王安石笑而不答。
蘇轼到常州時，神宗去世，哲宗即位當皇帝，恢複蘇轼為朝奉郎、登州知州，召入朝廷任禮部郎中。
蘇轼過去與司馬光、章..友好。
當時司馬光任門下侍郎，章..知樞密院，二人意見不合，章..經常開玩笑侮辱圍困司馬光，司馬光對此很苦惱。
蘇轼對章..說“：司馬君實現在聲望很高。
以前許靖因為隻有虛名而沒有實際才能，為蜀先主鄙視，法正說‘：許靖虛假的名聲，在四海流傳，如果對他不加禮遇，必然會被認為輕視賢人而受到損害。
’先主采納了他的意見，就讓許靖擔任司徒。
許靖尚且不可輕慢，何況是君實呢。
”章..認為蘇轼說得對，司馬光借此得以稍稍安定。
升任起居舍人。
蘇轼起自憂患之中，不想立即進入要害部門，他向宰相蔡确要求辭去這一職務。
蔡确說“：您在仕途盤旋已經很久了，朝廷中沒有人能超過您。
”蘇轼說“：以前林希與我同在館閣中，而且他年紀比我大。
”蔡确說：“林希果真應當比你先提拔嗎？”最終還是不同意。
元..元年(1086)，蘇轼穿戴七品官服入延和殿侍奉皇帝，哲宗立即賜給蘇轼用銀裝飾的紅色六品官服，升為中書舍人。
起初，祖宗時，差役法實行的時間長了産生弊病，百姓中服役的人卻不習慣所服的差役，官府又殘暴地役使他們，導緻多數人破産，地多人少的地方有人終年得不到休息。
王安石在神宗朝任宰相時，把差役法改為免役法，根據戶等的高低讓他們出錢雇人服役，執行免役法的官吏向百姓索取超過規定的錢财，因此免役法成了百姓的禍患。
司馬光任宰相，知道免役法的危害，而不知它有利的一面，打算恢複差役法，選派官吏和設置機構，蘇轼被選中。
蘇轼說：“差役法、免役法，各有利弊。
免役法的害處，在于聚斂民财，百姓十室九空。
聚斂于上而下面卻有錢荒之害。
差役法的害處，在于百姓常在為官府服役，不能集中力量務農，而貪官污吏得以乘機敲榨勒索。
這二者危害的輕重程度，大緻相等。
”司馬光說“：你說怎麼辦呢？”蘇轼說“：法令制度連續相承事情就容易成功，事情漸漸變化百姓就不會驚慌。
三代的制度，兵農合一，到秦朝才分為二，等到唐朝中葉，把府兵全部改變為長征健兒，自從那時以來，百姓不知道當兵，當兵的也不知道務農，農民出糧食布帛養活軍隊，軍隊出性命保衛農民，天下都感到方便。
即使聖人再出現，也不能改變這種情況。
現在的免役法，實際上大緻和這一樣。
您想立即廢除免役法而實行差役法，正好像廢除了長征健兒而恢複府兵，不容易吧？”司馬光聽了不以為然。
蘇轼又到政事堂陳述自己的意見，司馬光很不高興。
蘇轼說“：過去韓魏公在陝西招納義勇，您任谏官，為此事争辯得十分激烈，韓公不高興，您也不顧。
我過去聽您講這事的詳細情況，難道您今天做了宰相，就不允許我講完自己的意見嗎？”司馬光笑笑。
不久蘇轼被任命為翰林學士。
元..二年(1087)，蘇轼兼任侍讀。
每當給皇帝讀書讀到治亂興衰、邪正得失的時候，無不反複開導皇帝，希望對皇帝有所啟發醒悟。
哲宗雖然恭敬而沉默不語，但總是點頭肯定。
蘇轼曾給哲宗讀祖宗《寶訓》，因此講到時事，蘇轼說