早年與孫覺交好，迅速引用他，打算援用為助手。
當時呂惠卿當權，神宗向孫覺詢問，回答說：“呂惠卿善辯而有才能，超過他人幾等，隻是因為利益的原故，屈身于王安石，王安石不悟，我私下認為值得憂慮。
”神宗說“：我也懷疑他。
”其後王、呂果然互相憎恨仇視。
青苗法頒行，首議者認為：“《周官》泉府，百姓借貸的，至交納息錢二十而五，國事的财政開支取用備辦于此。
”孫覺上奏條陳此說荒謬，說：“成周賒貸，隻是以此備民之緩急，不可以白白地給與，所以以國家為之息。
但國家的息錢，說者不明白。
鄭康成解釋經義，就引王莽計赢受息，不過每年什一為根據，不料周公取息，比王莽時還重。
況且載師所按照土地的不同情況制定賦稅，漆林的賦稅特别沉重，這是抑制工商末業。
現在因農民困乏，打算補耕助斂，但比照工商業而征賦稅，可以嗎？國事取給備辦，大概認為是泉府所統領，好像市之不賣，貨物阻滞于民用，有買有予，并同賒貸之法而舉用。
倘若專門取給于泉府，那麼執宰九賦，将起什麼作用呢？聖明之世應講求先王之法，不應取疑文虛說來圖治。
現在年老的大臣疏遠外任而不被聽納，輔佐大臣逍遙自在而不任職，門下省執行公正而不行，谏官請罪而求去職，我實在擔心奸惡邪佞之人，結黨連伍，乘衆情喧擾，動搖朝廷，誘取直名求取聲譽，這不是國家的福運。
”
王安石看到奏章後，發怒，孫覺正好因事拜訪中書省，王安石用話打動他說：“想不到學士也這樣！”開始有貶逐孫覺的意思。
恰逢曾公亮言京畿縣散發常平錢，有追呼抑配之擾，王安石因而請求派孫覺前去查究虛實。
孫覺既然受命，又上奏疏陳辭行，且說：“例如陳留一縣，前後明白谕示，情願請貸錢，終無一人來請，所以陳留不散一錢。
由此可見百姓實際上不願意與官府相來往。
所有體量，希望陛下賜令逐漸廢除。
”于是認為孫覺反複無常，出任知廣德軍，移知湖州。
松江堤防潰決，水成為百姓禍患。
孫覺改用石頭築堤，高一丈多，長一百裡，堤下變為良田。
移任廬州，改任右司谏