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因祖母去世請求解除官職，傳送太常寺讨論，沒有得到同意。
诏命知潤州，而孫覺已經服喪了。
喪期滿，任蘇州知州，移任福州。
閩地風俗對婚姻喪事重視，其費用無數。
孫覺裁量為适中之法，使費用不得超過百千錢。
命令下達，嫁娶之費以百錢計算，殡葬的費用也減少十分之五。
接連移任亳、揚、徐州。
徐州多盜賊，捕捉殺人犯五人，其中一人僅承受得住衣服的重量(指瘦弱)，孫覺懷疑而審訊他，此人說“：我在野外耕地，與甲相遇，強行把梃杖給我，半夜挾持我向東走，要我在諸門等候，其他事我不知道。
”孫覺詢問官吏：“依照法令該怎麼辦？”說：“該處死。
”孫覺制止殺此人的頭，以後于是成為慣例。
任應天知府，入為太常少卿，改任秘書少監。
哲宗即皇帝位，孫覺兼侍講，升任右谏議大夫。
當時谏官、禦史論事有限制，不得超越職權。
孫覺請求申明《唐六典》以及天禧诏書，凡是發出命令制造事端不便，都必須上奏陳述。
論宰相蔡确、韓缜不是因德進用，蔡确自訟有功無罪，孫覺針對蔡确所說的予以駁斥，蔡确最終去相位。
韓缜建議提升孫覺為給事中，孫覺辭謝說：“近來，執政大臣害怕别人議論自己，就以升官來引誘，希望與韓缜一起免職。
”過了一個月，韓缜去相位。
升任吏部侍郎，掌領右選，在候選的有一萬五千員，但缺額僅僅五分之二，以緻有三年不能調任的。
孫覺請求從軍功、保甲進官者補指使，宗室及服喪的從員外置，一天得空缺幾千。
改主掌左選，請求磨勘轉官以一百人為限額。
提升為禦史中丞，幾個月後，因病請求免職，被任命為龍圖閣學士兼侍講，提舉醴泉觀，求提舉舒州靈仙觀以歸家。
哲宗派使臣慰勞，賜給銀子五百兩。
孫覺去世，終年六十三歲。
孫覺有德量，被王安石所貶逐。
王安石退居鐘山，孫覺屈駕叙舊，二人作了幾夜的長談；到王安石死，又寫文章以緻哀悼，談論的人稱贊他。
紹聖年中，以孫覺為元..黨人，削奪職務追兩官。
徽宗即皇帝位，恢複官職。
有《文集》、《奏議》六十卷，《春秋傳》十五卷。
弟弟孫覽。