首先要求并祀僖、宣二祖，把太祖神位安置在太廟第一室，合祭祖先時就把太祖神位放在太廟朝正東的位置。
皇帝降旨讓大家讨論：僖祖、順祖、翼祖、宣祖四位祖先的神主牌位，應該有所歸附。
自從太祖皇帝首先尊崇這四位祖先的神位，治平年間，有人提議因為年代逐漸遙遠，請求把僖祖神主牌位搬遷到夾室去。
後來王安石等人上奏認為，僖祖已有了神廟，與稷、契沒有什麼不一樣，請求恢複它的原來位置。
當時宰相趙汝愚對于恢複祭祀僖祖很不以為然，皇帝的侍從大多支持趙汝愚的意見。
吏部尚書鄭僑認為遠祀宣祖，把宣祖神位放進孝宗宗廟進行祭祀。
朱熹認為把宣祖神位藏在夾室，就是把祖宗的神主牌位藏在子孫宗廟的夾室，神宗重新奉祀宣祖為始祖，已是得到正禮，合乎人心，這就是所謂有祭之後而不敢廢棄不祭的道理。
朱熹又撰寫《廟制》一文參加辯論，認為世間萬物豈有無本而生長的。
掌管祖廟的人沒有轉達給皇帝，馬上就撤毀了僖祖、宣祖在太廟中的廟室，另外建廟來奉祀四位祖先。
當初，甯宗被立為皇帝，韓..胄自認為有主謀尊立的功勞，在朝中當權。
朱熹擔心他會危害國政，幾次上奏說到這件事，并約吏部侍郎彭龜年共同上奏抨擊韓..胄。
恰逢彭龜年出朝護送外國使臣，朱熹就一人上疏指出皇帝左右大臣竊取權柄的危害，在講席上再次申明這個觀點。
甯宗禦批寫道“：我憐恤你年歲已高，恐怕難以站着給我講課，已授給你宮觀官的職務了。
”趙汝愚從衣袖中取出批複交還給甯宗，一面進谏一面叩拜。
内侍王德謙把皇帝的批文直接交給朱熹，台谏官争相要求留下朱熹，甯宗沒有同意。
樓鑰、陳傅良随後把寫在黃紙上的朱熹任命狀封還給甯宗，修注官劉光祖、鄧馬日密封的奏章交替呈上。
朱熹離開朝廷時，被任命為寶文閣待制，并給他一個州郡職務，朱熹推辭了。
不久朝廷任命他知江陵府，朱熹推辭了，并仍然請求朝廷免除他的新舊職務，甯宗下诏讓他依舊擔任煥章閣待制，提舉南京鴻慶宮。
慶元元年(1195)初，趙汝愚已經擔任宰相，收羅招徕全國各地的知名人士，朝廷内外殷切盼望朝政得到治理，惟獨朱熹因恐懼韓..胄當權而憂慮。
既多次對皇上說這件事，又幾次寫信給趙汝愚，認為應當用厚厚的賞賜來酬謝韓..胄尊立甯宗的功勞，不要讓他來參預朝政，信中有“及時制止萌芽時期錯誤的發展，謹慎小心不可疏忽”的話。
趙汝愚當時認為韓..胄容易制服，對朱熹的話沒有在意。
到了這時，趙汝愚也因被誣陷遭到驅逐，而朝廷大權歸于韓..胄了。
朱熹開始以議論宗廟制度失誤而自認為有罪，甯宗不允許，朱熹以有病再次要求去職退休，甯宗下诏說：“辭公職謝絕政事，不是我優待賢才的心意，你還是擔任原先的秘閣修撰。
”慶元二年(1196)，沈繼祖任監察禦史，誣告朱熹十大罪狀，皇帝下诏削去朱熹秘閣修撰的職務并罷免他提舉南京鴻慶宮，朱熹的學生蔡元定也被送到道州監管居住。
慶元四年(1198)，朱熹以自己快滿七十歲為理由，申請退休，慶元五年(1199)，朝廷同意了他的請求。
第二年朱熹逝世，終年七十一歲。
朱熹病情危急時，他親筆寫下遺言囑托兒子朱在和學生範念德、黃幹，懇切地勉勵他們努力學習并要他們修訂自己遺留下來的書籍。
第二天，朱熹端正地坐着把衣帽穿戴得很整齊，靠着枕頭去世了。
朱熹考中進士以後的五十年中，在外面做官僅有九年，在朝中做官才四十天。
他家中一向貧窮，年幼時依靠父親的朋友劉子羽，寄住在建州的崇安，後來遷居建陽的考亭，雖然窮得經常吃不上飯，卻處之安然。
學生中有從遠方來求學的人，吃的是豆飯藜羹，朱熹都和他們一起吃。
經常向别人借貸來維持家庭開支，然而不符合道義的錢卻一文也不取。
自從朱熹離開朝廷，韓..胄的勢力日益擴張。
何澹任禦史中丞，首先抨擊所謂精通某一門學術的學問，是用欺騙世人的文章來沽名釣譽，請求辨别這種學問的真僞。
劉德秀在長沙任官，沒有受到張木式學生的禮遇，等到他任谏官，首先彈劾留正引進僞學的罪名。
“僞學”這個名稱，是從這時開始的。
太常太卿胡..說“：近年來僞學十分勢盛猖獗，他們的企圖和行為越出常規，希望皇上告訴大臣，對他們暫且停止進升遷職。
”于是皇帝诏任陳賈任兵部侍郎。
不多久，削奪朱熹職務的命令也就頒布了。
劉三傑說從前禦史所彈劾的朱熹、趙汝愚、劉光祖、徐誼等徒黨，前些日子是僞黨，這時又變而為逆黨。
當天就任命劉三傑為右正言。
右谏議大夫姚愈又說道學與有權勢的大臣結成頑固的反動集團，暗中窺伺帝位。
皇帝就命令直學士院高文虎起草诏書在全國公布，于是攻擊僞學的聲勢一天比一天急劇，選人餘哲甚至上書朝廷請求把朱熹斬首。
在當時的情況下，士大夫中循規蹈矩，在儒學上稍有名聲的人，沒有地方可以容身。
他們的學生、有獨立見地、不随波逐流的人，被摒棄埋沒隐居在山林草丘田野；曲意逢迎、卑順懦弱的人，改投靠其他老師，經過原來老師的家門也不進去，甚至改變衣帽穿着，在鬧市街區店鋪中随意遊玩，以此來區别自己不是僞黨。
然而朱熹給他的學生們講學一天也沒有停止，有人勸朱熹說明原因遣散學生，朱熹笑了笑而沒有回答。
有一位籍田令名叫陳景思，是曾任過宰相的陳康伯的孫子，和韓..胄有姻親關系，勸韓..胄不要做得太過分了，韓..胄自己也漸漸後悔了。
朱熹已經死了，準備安葬時，有人說：四面八方的僞學門生約定日期聚會，給僞學老師送葬，他們會聚的時候，不是越軌狂妄地談論當時人的長短，就是錯誤地議論當時治國政事的得失，希望命令地方官吏對這些人加以約束。
皇帝同意了這個意見。
嘉泰初年，禁止道學的法令稍微放松了一些。
嘉泰二年(1202)，皇帝下诏說“：朱熹已經退休(去世)，追任他為華文閣待制，給與他退休的恩澤待遇。
”後來韓..胄死了，甯宗下诏賜朱熹遺表恩德惠澤，封谥号曰“文”。
不久，追贈朱熹為中大夫，特贈為寶谟閣直學士。
理宗寶慶三年(1227)，追贈為太師，追封朱熹為信國公，改封為徽國公。
當初，朱熹年少的時候，慷慨激昂有追求道義、真理的志向。
父親朱松病危時，曾經囑咐朱熹說：“籍溪人胡原仲、白水人劉緻中、屏山人劉彥沖這三個人，學問有淵源根底，我一向尊重敬畏他們，我就要死了，你去向他們學習，而且要完全聽從他們的話。
”這三個人，是指胡憲、劉勉之、劉子踂。
因此，朱熹的學問既是廣泛地求索于儒家經典著作，又普遍地結交當代的飽學有識之士。
延平李侗已經老了，曾經跟羅從彥學習，朱熹從同安卸任回來後，不惜遠行數百裡，徒步前往李侗處從學拜師。
朱熹做學問，大都是深入研究事物的“理”而取得知識，反過來親身實踐所取得的知識，同時其中以身心修養、磨練的居敬工夫作為加強修養的主體。
朱熹曾經說古代聖賢道統的傳授散播在典籍之中，由于對聖賢經書的宗旨不清楚，因而道統的傳授也開始隐晦不顯。
于是他竭盡一生全部的精力，鑽研窮究聖賢經典的意旨和訓示原意。
他所撰著的書有：《易本義》、《啟蒙》、《蓍卦考誤》，《詩集傳》、《大學》、《中庸章句》、《或問》，《論語》、《孟子集注》、《太極圖》、《通書》、《西銘解》、《楚辭集注》、《辯證》，《韓文考異》；他所編寫輯錄的書有：《論孟集議》、《孟子指要》、《中庸輯略》、《孝經刊誤》、《小學書》、《通鑒綱目》、《宋名臣言行錄》、《家禮》、《近思錄》、《河南程氏遺書》、《伊洛淵源錄》，這些書都流傳于社會。
朱熹死後，朝廷把他注釋的《大學》、《論語》、《孟子》、《中庸》作為學校的官定課本。
他還有一部沒有脫稿的《儀禮經傳通解》，也作為學校的法定課本。
朱熹一生寫的共一百卷，他與學生們的問答共有八十卷，還有别錄十卷。
理宗紹定末年，秘書郎李心傳請求把司馬光、周敦頤、邵雍、張載、程颢、程頤、朱熹七人列入文廟中一同跟随祭祀，沒有得到答複。
淳..元年(1241)正月，理宗視察太學，親自寫诏書以周敦頤、張載、程颢、程頤以及朱熹一同在孔子廟中跟随祭祀，配享孔廟。
黃幹說“：儒道的正統因為待合适的人而得以傳承，自從周朝以來，能擔任起繼承傳播儒道的責任人不過幾個，然而能使這個道得到發揚光大而顯著的，僅一、二個人而已。
從孔子以後，曾子、子思在道統微弱之際繼承了它，到了孟子才開始顯著。
從孟子以後，周敦頤、程颢、程頤、張載在道統斷絕的時候繼承了它，到了朱熹道統又開始光大顯著了。
”有見識學問的人認為這是有獨到見解、了解學術的内行話。
朱熹的兒子朱在，紹定年間擔任吏部侍郎。