相繼并進，卑賤的人權力超過了高貴的人，外部欺侮内部的結果。
陛下應該廓清天君，謹守天命，體察天德，以挽回天心。
要知道，要守住既成的事業，就必須效法祖宗，要治理好國家，就必須平時聚集威福。
”賈似道聽說了這些話，決心要想辦法排擠王應麟。
王應麟寫了奏疏從側門直接向皇帝奏對，他認為皇帝用人沒有什麼比先分清楚君子和小人更為重要的了。
他剛剛奏完把奏疏籠在袖子裡在朝班中等待，台谏官就急忙上疏對他進行駁斥，從此二史直前向皇帝奏事的制度就遭到廢除。
王應麟也被以秘閣修撰的名義主管崇禧觀。
很久以後，王應麟又被起用為徽州的知州。
他的父親王扌為曾經當過徽州地方的長官，因此衆父老都說：“他是清白太守的兒子呀！”王應麟在徽州任上堅決地打擊豪強，減少貧民的租稅，老百姓都非常高興。
後王應麟被召為秘書監，又暫時代理中書舍人，他堅決辭謝，但皇帝不準。
後他又兼國史編修和實錄檢讨，并兼侍講。
既而又調任起居郎兼暫時代理吏部侍郎，他上疏指斥成敗逆順的說法，并且說“：國家現在所依靠的是長江，而襄樊是它的咽喉，應該趕緊對這裡的防禦進行研究讨論，不能再繼續耽擱。
可是我們現在的朝廷中卻從從容容地完全跟平時一樣，毫無一點着急的樣子，要知道時機一失就不會再來，在現在這樣的形勢下，我們怎麼能夠苟且偷安？”當時朝中的大臣沒有一個人敢以邊事進言的，所以皇帝對王應麟的奏疏非常不高興。
賈似道也就因此再一次地策劃斥逐王應麟，恰巧碰到王應麟的母親死而去官。
等到賈似道在長江上全軍覆沒，王應麟這時出任中書舍人兼直學士院，他當即上疏陳說十件大事，其中有：以征讨為急務，嚴明政刑、勸勉廉恥、通達下情、尋求将才、鍛煉軍士、籌備糧饷、舉薦實材、選擇牧守、防守海道等标題。
他在疏中還說“：圖謀消除大禍患就必須忽略小事情，要追求實際效果就必須去掉虛文。
”他請求調集各路勤王軍隊，如果有能先趕到的，就給以重賞以便振作勇敢的士氣，使大家同心協力勇往直前，我們隻有證明能夠戰鬥才能夠把