明白這個案子，他牽連進許多朝官，從翰林學士許将以下都被逮捕，讓獄卒使他們睡在一起，吃飯和上廁所都在一個屋，在前面放一個大盆，把粥飯餅肉扔在裡面，用勺攪拌，就像分給狗和豬似的分給他們吃。
逮捕很久也不審問，有幸受審，又沒有一件事不被迫承認的。
他于是就彈劾參知政事元绛受囚犯的請托，元绛被貶出朝任亳州知州，蔡确取代了他的位置。
蔡确由知制诰為禦史中丞、參知政事，都是靠興起獄訟奪别人的位置而當上的，士大夫交口唾罵，而蔡确還自鳴得意。
吳充多次對皇上講新法沒好處，想稍微廢除那些過分的條法。
蔡确說“：曹參和蕭何有矛盾，到他為丞相時，仍遵循蕭何的主張。
現在新法是陛下所建立的，怎能允許一個人懷怨而破壞它。
”新法仍舊不改變。
元豐五年(1082)，蔡确被任命為尚書右仆射兼中書侍郎。
當時富弼在西京，對皇上說蔡确奸邪不應重用。
蔡确任宰相後，多次興起羅織别人罪名的案件，官僚士大夫十分害怕不敢稍有舉動。
起初議論官制，大緻仿照《唐六典》，不論事情大小，都由中書省取旨，門下省審核，尚書省執行，三省分班奏事，權歸中書省。
蔡确對王王圭說：“您任宰相時間這麼長，一定能得到中書令的官職。
”王王圭深信不疑。
蔡确又對皇上說“：三省長官位置太高，不用設令，隻讓尚書左右仆射分别兼任中書、門下兩省侍郎就可以了。
”皇上應允。
所以蔡确名義上是副相，實際專權，王王圭以左仆射兼門下侍郎，隻能拱手聽命而已。
皇上雖按次序以王王圭、蔡确為宰相，但對他們不太尊重，多次因為小過失對他們罰金，每次受罰就去宮門謝罪。
宰相受罰金去宮門謝罪，是前所未有的，人們都認為這事可恥。
哲宗即位後，蔡确轉為左仆射。
韓缜為宰相掌管中書，用他的兩個侄子為列卿，蔡确暗示禦史中丞黃履彈劾韓缜。
皇上才向三省下诏，凡是取旨的事和台谏官的章疏，都要由執政同時上奏拟定，不專歸中書掌管。
這是蔡确害怕失去權力，又重改官制。
蔡确任永裕山陵使，靈車出發的晚上，他不在外住宿，在路上又不侍從，回來後，又不辭去山陵使的職務。
禦史劉摯、王岩叟接連攻擊他，說蔡确有十條應該罷去的理由“：在熙甯、元豐時期，蔡确由始至終都參與了當時制造的冤案和苛政；到如今才稍微對人說：‘蔡确當時哪敢說什麼！’他的意圖是想鞏固自己的地位，反把過錯歸于先帝了。
”司馬光、呂公著被任用後，免去煩重、苛虐的