條法，蔡确說都是他自己建議的，更不被公論所容，太皇太後仍不忍心立即罷斥他。
元..元年(1086)閏二月，蔡确才被罷為觀文殿學士、陳州知州。
第二年，因他弟弟蔡碩的事被削奪官職，轉到安州，又轉到鄧州。
當初，神宗病重，王王圭商議立皇太子的事，蔡确和同僚們都在旁邊，知道情況。
蔡确見自己已得罪世人，就暗中同章..、邢恕等合謀，說王王圭心懷異志，全靠他蔡确的擁戴保護，王王圭的陰謀才沒得逞。
蔡确任山陵使時，韓缜告發他，但事情被逐漸地紛擾。
蔡确失勢後，更加怨恨，邢恕又替他往來造謠，有見識的人憂慮，沒有彈劾他。
蔡确在安陸，曾遊覽車蓋亭，并賦詩十章，漢陽知軍吳處厚上奏，認為這些詩都涉及到對朝政的毀謗，認為蔡确用郝處俊在上元年間勸谏唐高宗想傳位給武則天的事，來指斥太皇太後，吳處厚的話十分切中要害。
于是左谏議大夫梁焘、右谏議大夫範祖禹、左司谏吳安詩、右司谏王岩叟、右正言劉安世，接連上奏請求治蔡确的罪。
皇上下诏讓蔡确自己解釋，蔡确替自己申辯的十分完備。
劉安世等又說蔡确的罪狀顯明，不用申辯，這是大臣在包庇他。
于是就貶蔡确為光祿卿，分管南京，再貶為英州别駕，新州安置。
宰相範純仁、左丞王存因在太皇太後面前替蔡确講情，禦史李常、盛陶、翟恩、趙挺之、王彭年因不彈劾蔡确，中書舍人彭汝砺因封駁對蔡确處理的诏旨，他們都獲罪被罷官。
蔡确後來在貶所去世。
紹聖元年(1094)，馮京去世，哲宗去祭奠。
蔡确的兒子蔡渭，是馮京的女婿，在喪禮中向哲宗訴冤。
第二天，哲宗下诏恢複蔡确為正議大夫。
紹聖二年，贈蔡确官職為太師，谥号“忠懷”，派中使保護他的墳墓，又在京城賞給他宅第。
崇甯初年，蔡确在哲宗廟一同受到祭祀。
蔡京請徽宗寫“元豐受遺定策殊勳宰相蔡确之墓”賞賜給他家。
蔡京和太宰鄭居中不合，鄭居中因遭家喪而離職，蔡京怕他被重新起用，鄭居中是王王圭的女婿。
當時蔡渭改名為蔡懋，蔡京讓他重管先前的政事，來阻止鄭居中，于是追封蔡确為清源郡王，皇上親自書寫他的碑文，立在墓前。
蔡懋被升為同知樞密院事，蔡确的二兒子蔡莊為從官，蔡确的弟弟蔡碩，被贈為待制，他的女兒都被超升封爵，衆女婿都當了官，貴寵震動當世。
高宗即位後，下诏列舉群奸的罪狀，貶蔡确為武泰軍節度副使，把蔡懋流放到英州，把給蔡确的一切恩惠全部削奪，天下稱快。