劾他說“：呂惠卿懷張湯之狡詐，有盧杞之奸邪，詭計多端，敢違法度。
王安石固執乖戾，傲慢虛妄，對吏事一無所知；呂惠卿指導教唆，以助其惡。
又興起大獄，想株連蔓引，玷污公卿。
仰仗先帝仁聖，每事親自處理。
不然，安常守道的人士就沒活路了。
王安石對于呂惠卿有卵翼之恩，父師之義。
當他求進身時與王安石膠固為一，及有勢力，又互相傾軋，成為仇人，看他的私書，都不遺餘力地攻擊王安石。
狗豬都不為的，呂惠卿為之。
從前，呂布奉事丁原則殺丁原，奉事董卓則殺董卓；劉牢之奉事王恭則反王恭，奉事司馬元顯則反元顯：故而曹操、桓玄始終怕他們并殺了他們。
像呂惠卿這樣的罪惡，縱然未正典刑，仍應放逐到偏遠地區，以禦魑魅。
”中丞劉摯列舉他五條罪狀，以為大惡。
于是貶他為光祿卿，管南京。
再責為建甯軍節度副使，建州安置。
中書舍人蘇轼草拟制書，他的罪狀備載其中，天下人傳頌稱快。
紹聖(1094～1098)中，複官為資政殿學士、知大名府，加觀文殿學士、知延州。
夏人又入寇，将以全軍包圍延安，呂惠卿修米脂諸寨備敵。
敵至，想進攻則無法靠近城寨，想搶掠則一無所得，想開戰則諸将按兵不動，想南下則怕腹背受敵，停了兩天就拔營而去，趁機攻陷金明。
呂惠卿請求還朝，不許。
因修築威戎、威羌城，升為銀青光祿大夫，拜為保甯、武勝兩軍節度使。
徽宗即位，調其節度鎮南。
因曾布與他有宿怨，遷到杭州為官，而用範純粹守衛延州，追究他假冒邊功事，被奪去節度之職。
曾布罷相，他複為武昌節度使，知大名。
幾年後，又因上表引用比喻失當，降官為銀青光祿大夫，令其辭官。
崇甯五年(1106)，起用他為觀文殿學士、知杭州。
因其子呂淵聽到妖人張懷素的話不揭發而獲罪，呂淵發配沙門島，呂惠卿責為祁州團練副使，宣州安置，又轉到廬州。
恢複為觀文殿學士，任醴泉觀使，退休。
死後，贈官為開府儀同三司。
起初，呂惠卿迎合王安石，很快升為執政，王安石罷相，他又極力排擠王安石，甚而親自上書诋毀王安石。
王安石退處金陵，往往寫“福建子”三字，是他十分後悔被呂惠卿所害。
章..、曾布、蔡京當國，都害怕、讨厭他，不敢召他入朝。
因此，他一直在朝外輾轉為官，直到死去。