統的學問，被召為侍講。
又采用弟弟呂和卿計謀，制定五等丁産簿，讓百姓自陳實情，尺椽寸土，都被檢括，甚至雞豬也不漏掉。
隐瞞者許人告發，用被告者财産的三分之一充賞，百姓不勝其困。
又靠保甲正長給散青苗錢，讓保甲内的人一起前往官府認領，不得遺漏一人，緻使上下騷動。
鄭俠上書說呂惠卿結黨為奸，堵塞言路，呂惠卿怒，又恨馮京不與自己一心，王安石弟弟王安國讨厭呂惠卿奸猾谄媚，當面污辱他。
于是呂惠卿乘勢陷害他們三人，使他們都獲罪。
王安石因王安國的緣故，開始與呂惠卿有矛盾。
呂惠卿背叛王安石後，凡可害王氏的事無所不為。
韓绛為宰相不能控制他，請求再用王安石。
王安石赴任，仍與他共事。
禦史蔡承禧論呂惠卿罪惡，鄧绾又說他的兄弟強借秀州富民錢買田，他被派任陳州知州。
後來，他以資政殿學士的身份知延州。
起初，陝西沿邊漢蕃兵各自為軍，每有戰役就用蕃軍為先鋒，而漢兵守城，等待時機才出戰。
呂惠卿開始把他們合而為一，先搜羅補充守兵并從中選人作戰，随屯置将，把這些逐條寫好上報，邊人及議者多數認為不行。
陝西路都監高永亨，是老将，極力争辯，呂惠卿上奏指斥他。
蕃部屈全乜将要入侵，呂惠卿認為近世帥臣大多養威持重，就率禁軍巡邊。
大軍在京師東郊出發，奔綏德，到達無定河，經過十八天返回。
不久，呂惠卿母喪，诏令在他的本俸以外特給錢五萬缗，呂惠卿又請求增加一萬五千缗，禦史彈劾他。
他将到揚州取俸祿，皇上說：“呂惠卿固然貪婪，但他曾為執政，治他的罪有傷體面，姑且責其不義也可。
”隻削去錯給的俸祿，惠卿還自辯。
禦史又論他正服喪，不應有言論，下诏不必責問。
元豐五年(1082)，加官為大學士、知太原府。
入拜皇上，仍讓他鎮守..延。
呂惠卿說“：陝西之師，不僅不能進攻，亦不能防守，主要看形勢如何了。
”皇上說：“如惠卿言，就是說陝西可以放棄，怎能委他守邊？”列舉他淺薄暴躁欺蒙之罪，斥退他知單州。
第二年又知太原。
哲宗即位，告誡守邊官員勿侵擾外界。
呂惠卿派步、騎二萬人在聚星泊襲擊夏人，斬首六百級，于是夏人入侵..延。
呂惠卿見正直者紛紛回到朝廷，知道不能被人容忍，懇求去外地。
于是右司谏蘇轍上奏彈