郭藥師，渤海鐵州人。
遼國快滅亡時，燕王耶律淳招募遼東饑民為兵，讓他們向女真報仇怨，稱為“怨軍”，郭藥師擔任首領。
第二年，有兩營的“怨軍”反叛，郭藥師殺了反叛者羅青。
都統蕭幹留兩千人分為四營，以郭藥師及張令徽、劉舜仁、甄五臣為将領。
耶律淳在燕京稱帝，改“怨軍”為“常勝軍”，提升郭藥師為諸衛上将軍、涿州留守。
耶律淳死後，蕭後掌權，蕭幹專橫，遼人懷有二心。
宣和四年(1122)九月，郭藥師率所部八千人獻涿、易州投降宋朝，皇上下诏任命他為恩州觀察使。
宋軍北伐，劉延慶同蕭幹在盧溝對陣，郭藥師說：“蕭幹傾全力對抗我們，燕京一定空虛，選精騎兵去偷襲，燕京可得。
”劉延慶派郭藥師和幾員将領率六千人，半夜渡河，兼程而行。
天剛亮，甄五臣領五千騎兵奪取迎春門進城，大軍随後趕到，郭藥師下令招降燕人，把契丹等族人全殺死。
郭藥師派人告訴蕭後，讓她投降。
蕭後秘密下诏讓蕭幹回來在三市迎戰，郭藥師失去戰馬，差點被活捉，于是敗回宋營，他還被升為安遠軍承宣使。
十二月，郭藥師被任命為武泰軍節度使。
宣和五年正月，他又被加官為檢校少保，同知燕山府。
诏命他入朝，徽宗對他十分尊敬有禮，賞給他府第和姬妾。
在金明池戲水，讓他觀看，下令貴戚大臣互相設宴。
又召他到後苑延春殿奏對，郭藥師拜伏在殿下，哭着說：“我在遼國，聽說趙皇如在天上，不想今日能看到您的龍顔。
”皇上非常贊賞他，委他以守燕重任，他回答說“：願效死力。
”皇上又命令他捕取天祚帝而使燕人絕望，他臉色一變說：“天祚帝，是我的舊主，國破後逃走，我才投降。
陛下派我去幹别的事，我不敢推辭。
若讓我反舊主，我不能侍奉陛下了，希望把這件事交給别人去辦。
”于是淚如雨下。
皇上認為他忠誠，解下自己穿的珠袍同二個金盆一起賞給他。
郭藥師出來，對他的部下說：“這不是我的功勞，全是你們的力量。
”就剪開金盆分給大家。
他被加官為檢校少傅，回到燕山府。
蕭幹侵犯邊境，郭藥師在峰山攻破他的軍隊，活捉阿魯太師，得到耶律德光尊号寶劍、塗金印，不久蕭幹被部下殺死。
郭藥師因功升為檢校太傅。
起初，王安中為燕山知府，詹度和郭藥師為同知，郭藥師認為自己有兵權，想居于詹度之上。
詹度聲稱诏旨所寫有次序，郭藥師不服從。
加上常勝軍橫行，郭藥師袒護他們，詹度不能控制，就報告給朝廷。
朝廷怕他倆互