命太祖為大将軍，提升荀彧為漢侍中，代理尚書令。
經常居于朝中理朝政，太祖雖征戰在外，軍國大事都要與荀彧籌劃。
太祖問荀彧：“誰能替代您為我出謀劃策？”荀彧說：“荀攸、鐘繇。
”原先，荀彧談到出謀劃策之士，曾舉薦了戲志才。
志才死後，又推薦了郭嘉。
太祖認為荀彧知人善任，他所推薦的人大多是稱職的，隻有嚴象為揚州刺史，韋康為涼州刺史，後來兵敗身亡。
自從太祖迎奉天子之後，袁紹心中不服。
袁紹已經兼并了黃河以北各郡縣，天下人都畏懼他的強大。
太祖正在憂慮東邊的呂布，抗拒南邊的張繡，而張繡在宛縣打敗了太祖軍。
袁紹更加驕橫，給太祖寫信時，言辭無禮而傲慢。
太祖大怒，出入舉止不同于常，衆人都說是因敗于張繡的緣故。
鐘繇就這事問荀彧，荀彧說：“曹公是聰明人，必定不會追咎往事，可能是為其他事憂愁。
”于是見太祖而詢問，太祖便将袁紹的信給荀彧看，說：“我現在想讨伐不義，可力量敵不過他，怎麼辦？”荀彧說：“古來較量于成敗場上的，如果真有才能，縱然弱小，也必将變得強盛；如果是庸人，縱然強大，也會變得弱小。
劉邦、項羽的存亡，足以可以使人明白這個道理。
現今與您争天下的人，隻有袁紹了。
袁紹這人貌似寬容而内心狹窄，任用人才卻疑心太重，您明正通達，不拘小節，唯才是舉，唯才是用，這在度量上勝過袁紹；袁紹遇事遲疑猶豫，少有決斷，往往錯過良機，您能決斷大事，随機應變，不拘成規，這在謀略上勝過袁紹；袁紹軍紀不嚴，法令不能确立，士兵雖多，卻不能巧為任用，您法令嚴明，賞罰必行，士兵雖少，卻都奮戰效死，這在用兵上勝過袁紹；袁紹憑其名門貴族，裝模作樣，耍小技而博取名譽，所以士人中缺乏才能而喜好虛名者大多歸附于他，您以仁愛之心待人，推誠相見，不求虛榮，行為謹嚴克己，而在獎勵有功之人時無所吝惜，因此天下忠誠正直、講求實效的士人都願為您效勞，這在德行上勝過袁紹。
憑借這四方面的優勢輔佐天子，扶持正義，征伐叛逆，誰敢不從？袁紹強大有何用？”太祖很高興。
荀彧又說：“不先攻取呂布，河北也還是不易謀取。
”太祖說：“你說得極是。
我所困惑的，是又擔心袁紹侵擾關中，引發羌人、胡人作亂，向南勾引蜀、漢中二郡的劉璋；那樣我将單獨以兖、豫二州抗擊天下兵力的六分之五，那該怎麼辦呢？”荀彧說：“關中将帥數以千計，沒有人能統一起來，隻有韓遂、馬超最強。
他們見崤山以東地區正在争戰，必定各自擁兵自保。
現在如果以恩德招撫他們，派遣使者與他們通好，維持和好，即使不能長久安定，但至少在您平定山東之前，足以不生變動。
關西的事情可以托付給鐘繇，這樣您就可以放心出征了。
”建安三年(198)，太祖已擊破張繡，東擒呂布，平定徐州，進而與袁紹相抗衡。
孔融對荀彧說：“袁紹地廣兵強，有田豐、許攸等謀臣替他出謀劃策，審配、逢紀等忠臣為他幹事，顔良、文醜勇冠三軍，為他統領軍隊，恐怕很難戰勝啊！”荀彧說：“袁紹兵雖衆而法令不整肅，田豐剛愎而好犯上，許攸貪婪而不檢束，審配專權而無謀，逢紀果決而剛愎自用，這兩人料理後方，如果許攸家犯了法，一定不會放過，不寬縱，許攸必然叛變。
至于顔良、文醜，不過匹夫之勇罷了，可以一戰而擒！”
建安五年(200)，與袁紹連續交戰。
太祖保守官渡，被袁紹包圍。
太祖軍糧将盡，寫信給荀彧，與他商議可否退兵許縣以引開袁紹軍隊。
荀彧回信說：“眼下軍糧雖少，還比不上楚、漢在荥陽、成臯之間那樣艱難。
當時劉、項雙方都不肯先退，先退的一方必定處于被動。
您以僅及敵之十分之一的兵力，就地堅守，扼住敵人咽喉使其不能前進，已經半年了。
敵人的底細已經清楚，銳氣已經枯竭，局面必将有所變化，這正是使用奇謀的良機，不可失去啊！”太祖于是留了下來。
進而以奇兵偷襲袁紹的其他軍營，斬殺了他的大将淳于瓊等，袁紹退走。
審配因為許攸有不法行為，收捕其妻兒，許攸一怒之下背叛了袁紹；顔良、文醜被陣前斬首；田豐由于勸谏而被殺，一切正如荀彧所預想的那樣。
建安六年(201)，太祖為籌糧到了東平國的安民縣，糧食太少，不足以與河北相峙，想要趁袁紹剛敗，利用這個空隙讨伐劉表。
荀彧說：“現在袁紹失敗，部衆離析，應趁此機會，一舉平定河北；我們背靠兖州、豫州，如遠征江、漢，這時袁紹要是收其殘部，乘虛攻擊我們的後方，您的大事就完了。
”太祖于是再次駐軍于黃河岸邊。
袁紹病死，太祖渡過黃河，襲擊袁紹之子袁譚、袁尚；而高幹、郭援侵略河東郡，關右震動，鐘繇率馬騰擊敗了他們。
此事詳情在《鐘繇傳》中另有記載。
建安八年(203)，太祖登錄荀彧前後的功績，上表請封荀彧為萬歲亭侯。
建安九年(204)，太祖攻下邺城，兼任冀州牧。
有人勸太祖：“應恢複古代區劃，設置九州，那麼冀州所控制的地盤廣大，天下就會服從您了。
”太祖将采納這個建議，荀彧說：“如果這樣，冀州應包括河東、馮诩、扶風、河西、幽州、并州的地盤，所奪占囊括的地方衆多。
過去您打敗袁尚，捉住審配，全國震驚，必定人人害怕不能保住自己的地盤，擁有自己的軍隊；現在使他們分屬冀州，将會人心緊張。
況且很多人在勸說關右諸将閉關自守；現在聽到這個消息，以為是對他們一個一個地攻奪。
一旦關西發生變亂，即使有守善之人，威迫之下也會為非作歹，那麼袁尚得以寬限死期，袁譚也會心懷二意，劉表因此保守江、漢之間，天下就不那麼容易平定了。
希望您迅速領兵先平定河北，然後