旁坐觀曹、劉戰局的勝負，諸葛亮前往勸喻孫權說：“天下大亂，将軍您起兵擁有江東，劉豫州也在漢南招集兵馬，共同與曹操争奪天下。
現在曹操平定内患，基本上穩定了北方，接着進軍南取荊州，威勢震懾天下。
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英雄無用武之地，故此劉豫州避逃到這裡。
希望将軍您能根據自己的力量來考慮對策：如果能起用東吳的軍隊與中原的曹軍相抗衡，就應該及早與曹操斷絕關系；假若不能與之相抗衡，何不就此擱下武器、解除盔甲，向對方俯首稱臣呢！現在您表面上說服從曹操，内心裡又猶豫不決，情勢危急而不當機立斷，大禍即在眼前啊！”孫權說：“假如情況如你所說，劉豫州怎麼不投降曹操？”諸葛亮說：“田橫，不過是齊國一個壯士，尚且堅守節操而不投降受辱，何況劉豫州乃大漢皇室的後裔，英才蓋世，群士仰慕，猶如衆水歸海。
如果功業不能成功，此乃天意所定，豈可再做曹操的下屬！”孫權勃然大怒說：“我決不能拿整個東吳的土地和十萬的軍隊去受他人控制。
我的主意已經打定！你說除劉豫州外便無人抵擋曹操，可是劉豫州最近剛被打敗，又怎能抵擋住如此強敵呢？”諸葛亮說：“劉豫州的軍隊雖在長阪戰敗，但現在陸續歸還的兵卒加上關羽的水軍仍有上萬人馬；劉琦集合起的江夏兵卒亦不下萬人。
曹操的兵馬遠道奔馳而來，疲憊不堪，聽說他們為了追趕劉豫州，輕騎一晝夜行走三百多裡，這就是常言所道‘強弓發出的箭，在射程之末連魯地的薄絹都不能穿透’，所以用兵之法忌諱這種作戰，并說‘必會招緻主将失敗’，況且北方人不适應水戰；另外荊州百姓歸附曹操，實為兵勢所迫，并非心甘情願。
現在将軍真正能派出猛将統率數萬兵馬，與劉豫州協力同心，一定能将曹軍擊敗。
曹操一敗，必然退歸北方，這樣荊州、東吳的勢力就強大起來，三分天下的局面也就形成了。
成敗的時機，在于今日的選擇。
”孫權聞言大喜，即派周瑜、程普、魯肅等率水軍三萬，随諸葛亮趕赴劉備那裡，協力抗擊曹操。
曹操在赤壁戰敗後，領軍退歸邺城。
劉備于是占有江南之地，任命諸葛亮為軍師中郎将，派他督守零陵、桂陽、長沙三郡，征調三郡的賦稅，以之補充軍需。
漢獻帝建安十六年(211)，益州牧劉璋派遣法正迎請劉備，讓劉備去攻打張魯。
諸葛亮與關羽鎮守荊州。
後來劉備從葭萌返回攻打劉璋，諸葛亮與張飛、趙雲等率軍沿江逆流而上，分頭平定沿江兩岸各郡、縣，然後與劉備彙合共同圍攻成都。
平定成都後，劉備任命諸葛亮為軍師将軍，并代理左将軍府的事權。
劉備領兵外出期間，諸葛亮常被留守成都，兵充糧足。
建安二十六年(221)，大家都勸劉備自稱帝号，劉備不答應，諸葛亮勸說：“從前吳漢、耿..等人起始勸世祖光武皇帝稱帝登基，世祖推辭不允，先後推讓四次，耿純于是進言說：‘天下英雄對您十分景仰，希望追随您得到各人想得到的東西。
如果您不采納衆人的建議，大家就會各擇新主，無人再跟随您了。
’世祖感到耿純的話很在理，于是答應了衆人的請求。
現在曹丕篡漢，天下無主，大王乃劉氏皇族後裔，承漢室世系即位登基，此乃合情合理之事。
士大夫們長期追随大王，曆經艱辛困苦，也是希望像耿純所說的那樣能建下尺寸之功啊！”劉備于是即位稱帝，冊命諸葛亮為丞相，說：“朕家遭不幸，故謹承王位，一定兢兢業業，不敢貪逸康樂，一心安定百姓，惟恐他們不得安撫。
嗚呼！丞相諸葛亮可要詳盡真實地體察朕的心意，不倦地幫助朕克服缺點，協助布施君王的恩澤，讓日月的光輝普照天下，請盡心竭力啊！”諸葛亮以丞相身份總理尚書事，并享“假以符節”的權利。
張飛死後，又兼職司隸校尉。
章武三年(223)春，劉備在永安病危，将諸葛亮從成都召來，托付後事。
他對諸葛亮說：“你的才幹勝過曹丕十倍，一定能安定國家，完成統一大業。
如果劉禅可以輔佐，你就輔佐他；如果他無才能，您就取而代之罷。
”諸葛亮痛哭回言：“臣願竭盡心力輔佐太子，獻出自己的忠誠節操，鞠躬盡瘁，死而後已！”劉備又诏告劉禅：“你與諸葛丞相共掌國事，一定要像對待父親那樣對待他。
”
建興元年(223)，劉禅封諸葛亮為武鄉侯，設立丞相府署，