讓諸葛亮自選僚屬，全權處理國事。
不久，又讓諸葛亮兼任益州牧。
朝中政事無巨細，都由諸葛亮一人裁決。
其時南方幾郡同時起兵叛亂，諸葛亮考慮到新遭國喪，故此不便派兵鎮壓，且派遣使者訪問吳國，加強與吳國的親善友好關系，于是兩國結為盟國。
建興三年(225)春，諸葛亮率軍南征，到秋天南方叛亂被徹底平定。
軍需費用都由這些新平定的地方承擔，國家由此而富強起來，于是諸葛亮整頓訓練全蜀軍隊，等待時機出兵伐魏。
建興五年(227)，諸葛亮統率各軍北上屯集漢中，臨行之前，他上奏劉禅說：“先帝所創帝業尚未完成一半，就中途去世。
現在天下一分為三，而我蜀漢國力困乏，确實處在生死存亡的危急時刻。
然而宮中侍衛近臣勤奮不懈，前方忠誠将士忘死舍生，隻是追念先帝在世時對他們的恩榮，想轉用來報答陛下。
陛下确實應該廣開言路，兼聽各方意見，以繼承光大先帝的美德，振奮仁人志士的精神，不可妄自菲薄，談吐不顧原則，以緻阻塞臣民忠心勸谏的言路。
宮廷與官府是一個整體，賞罰褒貶，一視同仁。
如果有作惡犯法或行善盡忠的人和事，都應該交給有關主管官員判定對他們的懲處或嘉賞，以顯示陛下的公正嚴明，不可偏見行私，使宮廷内外的法度有所不同。
侍中、侍郎郭攸之、費祎、董允等，都是忠良誠實之人，他們的心志思想忠誠純潔，所以先帝選拔他們留給陛下任用。
臣下認為宮廷中的事情，無論大小，都可以同他們商量，然後施行，這樣定能補偏救缺，收到集思廣益的成效。
将軍向寵，言行公正、性情和善，精曉軍事，以前先帝曾予試用，稱贊他是有才有能之人，因此大家商議推舉他擔任中都督。
臣下認為軍中之事，都可先與他商議，這樣定能使軍内和睦、進退配合，将卒配備得當。
親近賢臣、疏遠小人，這就是前漢興盛強大的主要原因；親近小人，疏遠賢臣，這就是後漢衰弱頹敗的重要禍根。
先帝在世時，常常與臣談論此事，沒有一次不為桓、靈二帝歎息痛心。
侍中郭攸之、費祎、尚書陳震、長史張裔、參軍蔣琬，這都是忠誠可靠、誓死守節的賢臣，希望陛下親近他們、信任他們，這樣興盛漢室就指日可待了。
“臣下本是普通百姓，自己耕食于南陽，隻求在亂世中苟全性命，不求在諸侯手下做官揚名。
先帝不嫌臣下卑賤淺陋，屈駕親谒，三顧茅廬求訪微臣，向臣下詢問天下大事，臣因此感激不已，便答允為先帝奔走效勞。
後來遇上軍事失利，臣受任于敗軍之際、奉命于危難之間，自是至今已是二十一年了。
先帝深知臣為事謹慎，所以在臨終前将國家大事托付給臣。
臣自接受遺命以來，日夜愁慮歎息，惟恐所托之事不能收到成效，以至損傷先帝知人之明，因而五月渡過泸水，率軍深入不毛之地。
如今南方已被平定，兵力戰具準備充足，應該鼓勵督領全軍，北定中原，竭盡自己的平庸才能，鏟除兇險奸惡的敵人，興複漢室，使國都能返遷洛陽。
這即是臣下用來報答先帝、效忠陛下的職責！“至于權衡國事、進獻忠言，此乃郭攸之、費祎、董允的責任。
希望陛下将讨伐奸賊、複興漢室的任務交付臣下，讨伐無成績，則治臣之罪，以告先帝在天之靈。
如果沒有勸勉陛下發揚德行之忠言，則追究郭攸之、費祎、董允等怠慢失職之過。
陛下也應當自我多加深思，向群臣征詢治國良策，明鑒和采納正确的意見，牢記先帝在遺诏中的告誡。
這樣臣下就受恩非淺、感激至深。
現在為臣即将遠離陛下，起草此表，淚如雨下，不知所言是否得當。
”于是，諸葛亮率軍啟程，前至沔陽紮營。
建興六年(228)春，諸葛亮揚言要從斜谷道攻取..縣，并派遣趙雲、鄧芝率軍為疑兵，占據箕谷虛張聲勢，魏國大将軍曹真領兵前來抗擊。
諸葛亮親自統率各軍前攻祁山，軍容整齊，賞懲肅嚴，号令分明，南安、天水、安定三郡叛魏歸蜀，一時間整個關中地區震動驚懼。
魏明帝禦駕西進坐鎮長安，命令張郃率軍抵禦諸葛亮，諸葛亮派遣馬谡督率各軍前行，與張郃大戰于街亭。
由于馬谡違背了諸葛亮的作戰部署，進軍布陣失策，被張郃大敗。
諸葛亮遷移西縣百姓千餘戶，退軍漢中，處死馬谡，向全軍承認錯誤，并向後主上奏說：“臣下以淺薄的才能，擔當了不能勝任的職務，親自領受君令和所賜錦