徽宗皇帝于政和年間，遍搜普天下道家之書，雕版印行，一共有5481卷，稱為“萬壽道藏”。皇帝委派刻書之人，叫做黃裳。他生怕這部大道藏刻錯了字，皇帝發覺之後不免要殺他的頭，因此一卷一卷地細心校讀。不料想這麼讀得幾年，他居然便精通道學，更因此而悟得了武功中的高深道理。他無師自通，修習内功外功，竟成為一位武功大高手。
那黃裳練成了一身武功，還是做他的官兒。有一年他治下忽然出現了一個稀奇古怪的教門，叫做什麼“明教”，據說是西域的波斯胡人傳來的。這些明教的教徒一不拜太上老君，二不拜至聖先師，三不拜如來佛祖，卻拜外國的老魔，可是又不吃肉，隻是吃菜。徽宗皇帝隻信道教，他知道之後，便下了一道聖旨，要黃裳派兵去剿滅這些邪魔外道。不料明教的教徒之中，着實有不少武功高手，衆教徒打起仗來又人人不怕死，不似官兵那麼沒用，打了幾仗，黃裳帶領的官兵大敗。
他心下不忿，親自去向明教的高手挑戰，一口氣殺了幾個什麼法王、使者。哪知道他所殺的人中，有幾個是武林中名門大派的弟子，于是他們的師伯、師叔、師兄、師弟、師姊、師妹、師姑、師姨、師幹爹、師幹媽，一古腦兒地出來，又約了别派的許多好手，來向他為難，罵他行事不按武林中的規矩。黃裳說道：“我是做官兒的，又不是武林中人，你們武林規矩什麼的，我怎麼知道？”對方那些姨媽幹爹七嘴八舌地吵了起來，說道：“你若非武林中人，怎麼會武？難道你師父隻教你武功，不教練武的規矩麼？”黃裳說道：“我沒師父。”那些人死也不信，吵到後來，一動上手，黃裳的武功古裡古怪，對方誰都沒見過，當場又給他打死了幾人，但他寡不敵衆，也受了傷，拼命逃走了。那些人氣不過，将他家裡的父母妻兒殺了個幹幹淨淨。
那黃裳逃到了一處窮荒絕地，躲了起來。那數十名敵手的武功招數，他一招一式都記在心裡，于是苦苦思索如何才能破解，他要想通破解的方法，然後去殺了他們報仇。也不知過了多少時候，終于對每一個敵人所使過的招數，他都想通了破解的法子。他十分高興，料想這些敵人就算再一擁而上，他獨個兒也對付得了。于是出得山來，去報仇雪恨。不料那些敵人一個個都不見了。原來他那幾十個仇人全都死了。
那黃裳找遍四方，終于給他找到了一個仇人。這人是個女子，當年跟他動手之時，隻是個十六七歲的小姑娘，但黃裳找到她時，見她已變成了個六十來歲的老婆婆。
黃裳的幾十個仇人，個個都是好手，武功包含諸家各派，何等深奧，何等繁複？他要破解每一人的絕招，可得耗費多少心血？原來他獨自躲在深山之中鑽研武功，日思夜想的就隻是武功，别的什麼也不想不知不覺竟已過了四十多年。專心鑽研武功，四十多年很容易就過去了。
他花了這幾十年心血，想出了包含普天下各家各派功夫的武學，過得幾年，同樣難逃大限，這番心血豈不是就此湮沒？于是他将所想到的法門寫成了上下兩卷書，這便是《九陰真經》。
《九陰真經》重出江湖
撰述《九陰真經》的原由，黃裳寫在經書的序文之中，全真派掌門王重陽因此得知。
黃裳将經書藏于一處極秘密的所在，數十年來從未有人見到。不知怎樣，此書那一年忽在世間出現，天下學武之人自然個個都想得到，大家你搶我奪，一塌糊塗。《九陰真經》中所載的武功，奇幻奧秘，神妙之極。學武之人隻要學到了一點半滴，豈能不為之神魂颠倒？縱然因此而招緻殺身之禍，無數江湖人物仍然是趨之若骛。
天下的英雄豪傑都要搶奪《九陰真經》，後來事情越鬧越大，連全真教教主、桃花島主黃老邪、丐幫的洪幫主這些大高手也插上手了。他們五人約定在華山論劍，誰的武功天下第一，經書就歸誰所有。
經書最後終究是落在天下武功第一的王重陽手裡了。王重陽得到經書之後，卻不練其中功夫，把經書放入了一隻石匣，壓在他打坐的蒲團下面的石闆之下。
王真人的武功既已天下第一，他再練得更強，仍也不過是天下第一。當初他到華山論劍，也不是為了争天下第一的名頭，而是要得這部《九陰真經》。他要得到經書，也不是為了要練其中的功夫，卻是相救普天下的英雄豪傑，教他們免得互相斫殺，大家不得好死。
王重陽把那部《九陰真經》壓在蒲團下面的石闆底下，武林之中倒也真的安靜了一陣子。
後來王重陽自知壽限已到，于是安排了教中大事之後，命其師弟将《九陰真經》取來，生了爐火，要待将經書焚毀，但撫摸良久，長歎一聲，說道：“前輩畢生心血，豈能毀于我手？水能載舟，亦能覆舟，要看後人如何善用此經了。隻是凡我門下，決不可習練經中武功，以免旁人說我奪經是懷有私心。”