妙玉在太虛幻境“薄命司”的《金陵十二钗正冊》中，居第六位（第五頁）；在《紅樓夢十二支曲》中，關于她命運暗示的“世難容”一曲，亦安排在涉及黛玉、寶钗、元春、探春、湘雲的曲後，仍是第六位，這是很費解的。
金陵十二钗中，隻有她一人不屬于賈、史、王、薛四大家族，既非其血統，亦非李纨、秦可卿那種嫁到其中的女子，可是她卻不僅名列于基本上由四大家族女性壟斷的名冊中，并且還排名居中，大有雲斷高嶺之勢，這實在值得探究。
所謂《金陵十二钗正冊》以及《紅樓夢十二支曲》中的女性排名，并不以輩分長幼為序，更不是先賈氏成員再及其他，而完全是以該女性在《紅樓夢》全書中的重要性來排座次的。
所以黛玉、寶钗穩居一、二（她們在冊中合為一畫一詩，在曲中亦合二為一）；元春因是關系四大家族，特别是賈氏榮辱沉浮的首要角色，故排第三；緊接着的是探春，她雖比迎春小，且是庶出，但作者極為看重她，該女子是在家族危難時，獨能站出來支撐殘局的頂梁柱，因此排第四；第五是史湘雲，說實在的，把這位與黛、钗一樣與寶玉有着不尋常的情感關系，并最後相厮守，且僅前八十回中便有大量篇幅精心刻畫、令讀者目眩心醉的角色排第五，已有委屈之感（由此也可反證出，探春這一“脂粉英雄”在作者構思中具有多麼重的分量）；誰該排第六呢？難道不該是王熙鳳？“原應歎息”已出其二，難道不該推出迎春和惜春？可是，偏偏連霸王似的鳳姐兒，以及正門正戶的迎、惜姐妹都“靠邊站”，第六位竟是一位不知姓氏為何、真名失傳、單知其法号的妙玉！
曹雪芹著《紅樓夢》，在整體構思中将妙玉置于如此重要的地位，一定有他充分的道理。
但在現在所留下的前八十回真本中，除去第五回的冊頁、仙曲中提及不算，妙玉也就出現了六次而已，并且其中四次都是暗出，真站出來亮相，隻有兩回罷了。
先說四次暗出。
一次是第十七回至十八回中，大觀園已造好，并且從姑蘇采買的十二個女戲子，還有聘買的十個小尼姑、小道姑都有了，忽有林之孝家的來跟王夫人回話，說“外有一個帶發修行的，本是蘇州人氏，祖上也是讀書仕宦之家……今年才十八歲，法名妙玉。
如今父母俱已亡故，身邊隻有兩個老嬷嬷、一個小丫頭伏侍。
文墨也極通，經文也不用學了，模樣兒又極好……去歲随了師父上來，現在西門外牟尼院住着。
他師父極精演先天神數，于去冬圓寂了。
妙玉本欲扶靈回鄉的，他師父臨寂遺言，說他‘衣食起居不宜回鄉，在此靜居，後來自然有你的結果’。
所以他竟未回鄉。
”王夫人不等說完，便說：“既這樣，我們何不接了他來。
”林之孝家的道：“請他，他說：‘侯門公府，必以貴勢壓人，我再不去的。
’”王夫人笑道：“他既是官宦小姐，自然驕傲些，就下個帖子請他何妨。
”于是果然下帖子将妙玉請進了大觀園栊翠庵。
據此，不少研究者認為，妙玉父母是獲罪