、内務府奉旨複奏，軍機處暫不介入，保留發言的餘地。
刑部的司官，堅持如故，但複奏的語氣，卻很委婉，同時特呈律例一冊，将有關的條文案例，分别注明。
到了第二天，慈禧太後召見軍機，不再堅持護軍必須處死，但罪名是加重了。
恭王看争到這個結果，已非易事，因而承旨拟發上谕，說午門護軍毆打太監一案，刑部所拟：
“自系照例辦理。
惟此次李三順赍送賞件，于該護軍等盤查攔阻，業經告知奉有懿旨，仍敢抗違不遵，藐玩已極，若非格外嚴辦，不足以示懲儆。
玉林、祥福均着革去護軍，銷除本身旗檔，發往黑龍江充當苦差，遇赦不赦。
忠和着革去護軍，改為圈禁五年，均着照拟枷号加責。
護軍統領嶽林，着再交部嚴加議處。
至禁門理宜嚴肅，嗣後仍着實力稽查，不得因玉林抗違獲罪，稍形懈弛。
懔之！”
※※※
上谕一發，清流大嘩，忠于職守的充軍，放棄職守，容瘋子混進宮的，不過斥革為民，天下豈有這樣颠倒的是非？陳寶琛決定上疏力争，張佩綸得知這個消息，告訴了張之洞，他當然不會放棄這個可有所表現的機會，立刻去訪陳寶琛。
張之洞率直陳述來意，是聽到了張佩綸的話，特來求證，“我也想上個折子，作為同聲之應。
”他問，“不知意下如何？”
“自然好羅！建言的人越多，越有力量。
”
“不過，”張之洞實符其名，“世事洞明皆學問”，特意叮囑：“此事隻可求注意門禁，裁抑宦官之言，祈望太後自悟，不必為護軍乞恩。
否則，太後盛怒之下，一激反而無益有損。
”
“是了。
”陳寶琛說：“當如尊意。
”
“那就各自起草，明天換着看。
”
“不必了，早上為妙，各自遞吧！”
于是當晚各自在燈下起谏草，陳寶琛的筆下快，振筆疾書，寫的是：
“前因午門護軍毆打太監事，下刑部内務府審辦，未幾遂有劉振生擅入宮内之事，當将神武門護軍兵丁斥革。
昨者午門案結，朝廷既重科護軍毆打違抗之罪，複谕以禁門理宜嚴肅，仍當實力稽查。
聖慮周詳，曷勝欽服。
臣維護軍以稽查門禁為職，關防内使出入，律有專條。
此次刑部議譴玉林等，謂其不應于禁地鬥毆，非謂其不應稽查太監也。
谕旨從而加重者，謂其不應藐抗懿旨，亦非謂其不應稽查太監也。
雖然，藐抗之罪，成于毆打，毆打之釁，起于稽查，神武門兵丁失察擅入之瘋犯，罪止于斥革，午門兵丁因稽查出入之太監，以緻犯宮内忿争之律，冒抗違懿旨之愆，除名戍邊，罪且不赦，人情孰不願市恩而遠怨？其于畏禍，孰不願避重而就輕？雖谕旨已有‘不得因玉林等藐抗獲罪稍形松弛’之言，而申以具文，先以峻罰，兵丁有何深識？勢必懲于前失；與其以生事得罪而上幹天怒，不如隐忍寬縱，見好太監。
即使事發，亦不過削籍為民，此後凡遇太監出入，但據口稱奉有中旨，概即放行，再不敢詳細盤查，以别其真僞，是有護軍與無護軍同，有門禁與無門禁同！”
寫到最後一個字，手真有些酸了，陳寶琛将筆一擲，揉揉手，在火爐上烘了一會，就手倒了一杯“濃、熱、滿”的武夷茶喝。
在茶煙飄漾中，細讀已寫下的一段，自覺筆勢如群山起伏，連綿不斷而一氣呵成，說理極其酣暢，而文氣不矜不伐，頗為動聽。
于是趁着文興，提筆再寫，由天棚藏火藥之事，說到太監“豈盡馴良”？曆引嘉慶年間“林清事變”，太監引賊入内等故實，再轉到前明閹寺之禍，以及本朝裁抑宦官的家法，然後提出他的看法：
“臣愚以為此案在皇上之仁孝，不得不格外嚴辦，以尊懿旨；而在皇太後之寬大，必且格外施恩，以抑宦官。
”
這一揚一抑，自覺情理周洽，立言有體，陳寶琛欣欣然地，相當得意。
這就該結束了，陳寶琛略一思索，便就約束太監，恪遵定制着眼，又寫了兩三百字，歸結于“使天下臣民知重治兵丁非為毆打太監，亦非偏聽太監赴訴之詞，則群疑釋然，彌彰宸斷之公允。
”寫完細看，卻又困惑，自覺總有不夠圓滿之感。
凝神細想，發現了自己的毛病，這篇文章，隻論黑白，未辨是非。
是非原要對照來看的，這一案護軍是而太監非，奏折中雖已大緻說明白，但實如未說，因為護軍依舊判了重刑，則是者非而非者是。
這一點是非說而不争，無非怵于威權，畏懼得禍。
陳寶琛内心自慚，決定不聽張之洞的話，要為護軍乞恩。
這不必修改原折，隻要加一個“附片”就可以了。
但這篇“翻案”的文章，立言更須得體，措詞更應宛轉，必得一箭中鹄。
不然，小事不見聽，大事就更難講話了。
因此，他彷徨徹夜，直到窗紙上顯現曙色，方始定了腹稿，呵凍捉筆，寫了下來：
“再臣細思此案護軍罪名，自系皇上為尊崇懿旨起見，格外從嚴，然一時讀诏書者，無不惶駭。
蓋旗人‘銷檔’，必其犯奸盜詐僞之事者也：‘遇赦不赦’，必其犯十惡強盜謀故殺人之事者也。
今揪人成傷，情罪本輕，即違制之罪，亦非常赦所不原，且圈禁五年，在覺羅亦為極重。
此案本緣稽查攔打太監而起，臣恐播之四方，傳之萬世，不知此事始末，益滋疑義。
臣職司記注有補阙拾遺之責，理應抗疏瀝陳，而徘徊數日，欲言複止，則以時事方艱。
我慈安皇太後旰食不遑，我慈禧皇太後聖躬未豫，不願以迂戆激烈之詞，幹冒宸嚴，以激成君父之過舉。
然再四思維，我皇太後垂簾