慮也來勸他忏悔，他拒絕；但到最後，經過宗教裁判所的“嚴厲考驗”，他還是“忏悔”了。
“忏悔”在羅馬，而在佛羅倫薩，費迪南二世卻說：“我隻有一個伽利略。
”
憑着這一切，伽利略願意在佛羅倫薩大街上站立千年。
但他知道，正是費迪南二世這種唯一性的評價，在不少人心中引起不快，造成了“交通堵塞”。
圍啄，是雞群本能地在排除心中的堵塞。
為了不再産生這樣的悲劇，即便讓他指揮交通，也心甘情願。
伽利略的忏悔，是跪在地上做的。
忏悔的中心内容，是他曾在著作中認為地球不是宇宙的中心，并且運動着。
這位患有嚴重關節炎的古稀老人下跪時一定十分困難，當終于跪到地上之後，他又一次感知了地球。
據他的學生文欽卓·比維亞尼回憶，他讀完忏悔詞後還歎息般地嘀咕了一句：“然而此刻地球還是在轉動”
一位科學家當然不會在内心徹底放棄自己經過長期研究得出的結論，但他在當時當地是否真的說了這句話，我們還沒有看到除比維亞尼一人回憶之外的其它證據。
我們能看到的那份忏悔詞是老人逐字逐句大聲宣讀的，當時曾散發到整個基督教世界。
忏悔書中最讓人傷心的一段話，是他不僅承認自己有“異端嫌疑”，而且向教廷保證：
……當我聽到有誰受異端迷惑有異端嫌疑時，我保證一定向神聖法庭、宗教裁判員或地點最近的主教報告。
這樣的話無疑是一種最殘酷的人格自戕，因為此間描述的伽利略已經不是一個忏悔者，而是“自願”要成為一個告密的鷹犬。
西方的宗教裁判所一向以殘酷著稱于史，動不動就把一批在宗教觀念上有“異端嫌疑”的人送上火刑柱，但我覺得比火刑柱更惡劣的是普及了一種人格災難。
鼓動人們為了一種看不見、摸不着的所謂觀念上的疑點，毫無顧忌地告密、揭發、反咬、圍攻、賣友。
隻要做了這樣的惡事，不僅能自保，而且還能瓜分受害者的遺産；如果不肯這樣做，則遲早災難臨頭。
這就以對生命最終威脅的方式培植起了人性深處的惡，使之蔓延膨脹，颠覆全社會的人格系統。
到了這時候一切胡作非為都能随心所欲了，如果看到某些人還有人格殘存，就一湧而來，全力摧殘直到那個尚有人格殘存的人當衆放棄