天斥候都馬不停蹄地傳來壞消息：“敵人已至屯山嶺！”（九日）、“敵人已過宿星嶺！”（十一日）“敵人前鋒已抵達蓼川邊！”（十二日）。
蓼川邊就在南原城東南四十裡，日軍出現在這裡，說明戰鬥已經一觸即發。
從南原的城頭，楊元可以看到遠處村落滾滾黑煙，那是日軍一路燒殺搶掠的标記。
南原城裡已經擠滿了軍民，都是這幾天從附近逃難進來的。
這個時候的楊元，應該在心中掠過一絲念頭：“幹脆撤退吧。
”
六千人對五萬人，根本不成比例，很難守得住。
可是南原和晉州不一樣，晉州丢不丢無關大局，南原一丢，整個全羅道就沒了。
這個責任太大，楊元不敢承擔。
唯一能讓他稍微放心一點的，是朝鮮兵使李福男的到來。
李福男是一路從求禮潰退而來的，到了南原時身邊隻有五十多人。
當時南原附近已經有許多日軍小部隊聚集，李福男毫無畏懼，大搖大擺地從敵人之間穿過去。
日本人被這種大膽舉動驚呆了，居然沒前去阻攔，就這麼讓他進了南原城。
楊元對此十分佩服，拍着李福男肩膀說：“擁兵自保者，滔滔皆是。
而公獨以孤軍赴之，南朝一李侍郎矣。
”
八月十三日，日軍主力抵達了蓼川邊。
仿佛為了炫耀兵威似的，他們擺列出了無比煊赫的陣勢，拉開了兩道陣線。
第一道陣線由小西行長的第二軍團組成，從防川由禅院一直穿過長城橋，圍到南原西門；第二道陣線由島津義弘、來島通總、加藤嘉明的水師組成，從漆場截斷河流，沿越川、栗場到大毋泉，與西門陣線連接到一處。
日軍把本陣設在了鄉校山和麒麟山上，在城外四處建營，豎起大旗，号角連營，光是支起來的陣幕就連綿不斷，層層疊疊。
時人形容是“相續結陣，連延互回，月暈百匝”聲勢極其浩大。
這是刻意地炫耀武力，吃準了守軍不敢出城。
楊元确實不敢出城，他正忙着分配了守城任務。
他自己和李新芳守東門，千總蔣表守南門，毛承先守西門，朝鮮軍戰鬥力偏弱，讓他們守北門。
楊元還接連下了數道命令，整肅軍紀，明确号令，絕不讓部隊未戰先亂。
到了十三日中午，五個日本人大搖大擺走到東門，站到東門石橋上仰起脖子，打算喊楊元來談話。
這些人是來勸降的，覺得兩國交兵，怎麼也不會斬來使吧？可他們萬萬沒料到，楊元是存了拿他們祭旗的消息。
趁着這些人喊話的當兒，楊元帶着幾名朝鮮弓手偷偷摸出城去，沖着石橋一頓連射，當即射死三個人，另外兩個人連滾帶爬地逃了回去。
這一下子可把日軍激怒了。
很快大批日本兵呐喊而來，到了距離城牆百步遠的地方，一邊放槍一邊大罵。
忽然城頭飛了幾十個圓滾滾的黑影，落到地上還在嘶嘶作響。
“是震天雷！”
有日本老兵一聲慘叫，随即這些鐵疙瘩轟轟地都炸開了花，讓日本人死亡慘重。
原來這是一種朝鮮自主開發的新式火器，與大明的霹靂彈類似，是用鐵制容器承載火藥與尖銳硬片，外接引線，通過大碗口铳發射，威力很大。
早在壬辰之戰的時候，朝鮮義軍就用這東西吓唬過日本人。
和談期間，這種火器得到了大力發展，生産了數千枚，南原也分配到了不少。
此時不用，更待何時。
日本人倉皇地撤退了，守軍都松了一口氣。
楊元卻怎麼也放松不了心情，他久經戰陣，知道日本人一定不會善罷甘休，晚上搞不好要夜襲。
他下令在濠溝外多埋菱鐵，又在橋頭偷偷裝好釘闆，親自守夜靜待。
果然不出他的所料，到了二更天，三個日本兵偷偷摸摸地從石橋摸過來，一踏中釘闆，立刻被埋伏好的明軍幾刀砍死。
楊元知道大軍肯定藏在後頭，下令把四面吊橋都拉起來。
橋剛拉起來，四面日軍點着火把就沖了過來，一看橋斷了，隻得徹夜鼓噪，在南原附近到處放火，搞得百裡内都能看得到煙火漲天。
到了八月十四日，日軍經過一天的試探，開始動真格的了。
他們欺負聯軍兵少，大搖大擺地在城外建造攻城器具，還運來了大批草谷木石，堆積在大毋泉附近，把壕溝填平，用木頭擋在兩側，形成封鎖。
日軍還搜羅了一大堆門闆、床闆，在上面挖出射擊孔，下面裝有支架，構成一個單兵射擊掩體。
最開始遭到攻擊的是南城。
南城城外民戶十分密集。
在開戰前，楊元已經派人把這些盡數焚毀，隻剩下斷垣殘壁。
但日軍利用這些石壁做掩體不斷射擊，給聯軍造成了極大傷害。
很快焦點又轉向東城。
日軍在東門城外建起來的高棚，這些高棚都比城頭要高出一頭，日軍射手站在高棚上，有條不紊地向城内射擊。
聯軍試圖拿火铳對轟，可惜射程上夠不着，震天雷數量又有限，不得不從城頭撤下來。
大明