保存力量，遂以主力一部結合地方武裝留在原地，開展廣泛、分散的遊擊戰，與日軍周旋，消耗、疲憊日軍；邊區黨政軍機關迅速轉至阜平西北的馬駒石，主力部隊則按預定計劃進至平漢、正太路和進攻之敵的側後，對敵交通線、據點進行襲擊，在敵必經的幹河、勞山、溫塘等地伏擊或阻擊，速戰速決，殺傷日軍。
日軍合圍撲空，31日，以甲兵團6000餘人分6路合擊位于蓬頭、小峰口的平西地區黨政軍領導機關，再次撲空。
與此同時，日軍乙、丙兵團等部共5萬餘人，對轉移至阜平地區的晉察冀邊區黨政軍領導機關進行大規模合圍。
9月1日，晉察冀邊區黨政軍機關、學校近萬人被合圍于阜平以北以雷堡為中心東西約25公裡，南北約35公裡的狹窄地區内，處境十分危急。
晉察冀軍區首長決定向西轉移至常家渠一帶山區。
為迷惑日軍，軍區于1日黃昏派偵察分隊攜帶電台，到雷堡以東的台峪一帶，以“軍區呼号”與各方聯系，故意暴露目标，使日軍誤認為，八路軍領導機關已向東轉移并仍在其合圍圈内。
2日下午，日軍果然分兵7000餘人向台峪合擊。
晉察冀邊區領導機關、學校乘機于當晚西進40公裡，轉移到常家渠一帶山區。
同時中斷與各方的無線電聯絡，在日軍重兵包圍中成功地隐蔽了5天。
7日，軍區領導機關安全轉移到平山的東西文玉地區，繼續指揮反“掃蕩”作戰。
日軍圍殲晉察冀邊區領導機關和主力部隊的計劃遂告破産。
9月4日，日軍轉入第二期作戰，對抗日根據地進行“梳篦清剿”。
進攻兵團各部以大隊或中隊為單位分駐各要地，在封鎖兵團一部配合下，一面“搜剿”八路軍，破壞地方組織，捕殺群衆；一面有組織地摧毀抗日根據地和掠奪物資。
闖入根據地腹地的日僞軍行動更為謹慎，手段更加狡猾，經常用化裝、奔襲、殺回馬槍等手段大肆“清剿”。
日僞軍先以主力控制制高點，再以小部隊深入山溝搜挖“剔抉”，且多于夜間行動。
為粉碎日軍的“清剿”，晉察冀軍區于9月7日和15日先後發出指示，要求各軍分區，一面适當集結主力一