新四軍第3支隊部隊在殲敵100餘人後，主動撤出戰鬥，日軍占領清水潭後，于11月3日又增兵400餘人，分4路圍攻馬家園新四軍第3支隊部隊，第3支隊第6團第3營等部在予日軍以殺傷後，主動撤離。
日軍占領十甲村、馬家園。
第3支隊随即調整部署，集中主力對日軍實施反擊。
日軍退至紅花鋪等地，第3支隊收複馬家園。
當夜，第3支隊又派出精幹小分隊，襲擊灣及九裡山之日軍據點。
日軍于11月4日退回灣。
經4天戰鬥，第3支隊共殲敵300餘人。
12月，第3支隊奉命轉至銅陵、繁昌地區擔任防禦任務。
與此同時，第1支隊第1團、第2支隊第3團由蘇南調回皖南，歸新四軍軍部直接指揮。
此時，日軍為确保長江交通，對皖南地區進行頻繁“掃蕩”，銅、繁一帶是日軍“掃蕩”的重點。
1939年1至2月間，新四軍第3支隊與日軍兩次争奪繁昌城，兩失兩克。
5月，日僞軍1000餘人再攻繁昌，又被第3支隊擊退。
11月和12月，日僞軍又各以3000餘人兩次進攻繁昌，均未得逞。
新四軍取得5次繁昌保衛戰的勝利，有力地打擊了日軍。
至1939年年底，新四軍第3支隊和第1支隊第1團、第2支隊第3團在銅陵、繁昌和泾縣地區共作戰200餘次，勝利地保衛了皖南抗日陣地。
1940年4月下旬，日軍為鞏固江防，确保長江交通運輸，調集第15、第17，第116師團各一部共1萬親人，在飛機掩護下，對皖南進行大規模“掃蕩”。
26日，駐蕪湖日軍5000餘人進占南陵，然後分2路向新四軍父子嶺陣地和南（陵）青（陽）公路上的何家灣防地進攻。
堅守父子嶺陣地的新四軍第1支隊第1團與日軍2000餘人激戰8小時，斃傷敵370餘人，将敵擊退；堅守何家灣陣地的新四軍第2支隊第3團與日軍3000餘人激戰9小時，殲敵300餘人，将敵擊退。
同時，第3支隊在繁昌地區廣泛開展遊擊戰，積極打擊和牽制日軍。
曆時10天的反“掃蕩”作戰，以新四軍取得殲滅日軍900餘人的勝利而告結束。
1940年10月，日軍第13集團軍為确保江南三角地帶占領區，乘參加宜棗會戰的部隊返回之機，對第三戰區部隊發動大現模“掃蕩”，即所謂“十月攻勢”。
其中一路5000餘人在飛機掩護下，從銅陵、繁昌、南陵出動，經戴家會等地直撲新四軍軍部駐地雲嶺。
新四軍第3支隊及第1、第3團，在葉挺軍長的指揮下，堅守雲嶺外圍陣地，與日軍展開10餘次激戰，殲敵數百人，擊潰了日軍的進攻，保衛了雲嶺。
日軍在雲嶺遭到打擊後，東渡青弋江，進占了國民黨軍駐守的泾縣。
新四軍立即渡江，與日軍激戰于泾縣東北地區及泾縣南門，于9日克複烴縣。
日軍向南陵撤退。